秘书便是内阁大学士
因为皇帝在宫里办公，他需要几个秘书帮他忙，这些人的办公地点在中极、建极、文华、武英四殿，还有文渊阁、东阁两阁。这些处都在内廷，所以这些人就称为内阁学士或内阁大学士。内阁学士原本的官阶只五品，而六部尚书是二品
在太祖时，内阁学士不过像是皇帝的顾问，遇皇帝有不清楚的事，可以随时问他们，听他们意见，做皇帝之参考。奏章批答，从前是宰相的事，现在是皇帝的事。皇帝不能一一亲自动笔，便口授大学士写出，这所谓“传旨当笔”。由皇帝吩咐下来，这事怎样办，那事怎样批，他们只照皇帝意见写下。所以照理，大学士不过是皇帝的私人秘书，政治大权还是在皇帝，不在大学士
内阁大学士一般由尚书兼任，或者由曾任职经筵讲官的人来兼职。经筵讲官：教皇帝或太子读书的，是皇室的老师。
太祖、成祖时代，皇帝自己处决事情，口头吩咐大学士代笔，大学士自然只如一秘书。后来皇帝年轻不懂事，事事要谘询大学士意见。而且皇帝因于自己不懂事，也怕和大学士们时常见面，内外一应章奏，现由大学士看过，拿一张小签条，写出他们意见，附贴在公事上，送进宫里，在由皇帝细阅决定，这在当时叫做“条旨”，就是向皇帝分条贡献意见的意思。又称“票拟”，是说用一个小条子（即票）拟具意见，送皇帝斟酌。待皇帝自己看过，拿这条自撕了，亲用红笔批下，名为“批红”，亦称“朱批”。批好拿出去，这便是正式的谕旨
皇帝和内阁日常不见面，于是皇帝和内阁中间的接触，就多出一重太监上下其手的机会。皇帝有事交付与太监，再由太监交给内阁。内阁有事，也同样送太监，再由太监上呈与皇帝。这样，太监就慢慢地弄了权。甚至皇帝嫌麻烦，自己不批公事，私下叫太监批。批红的实权，落到太监手里，太监变成了真皇帝，掌握政府一切最高最后的决定权。太监领袖称司礼监。
