基因功能富集分析

基因(遗传因子)是具有遗传效应的DNA片段(部分病毒如烟草花叶病毒、HIV的遗传物质是RNA)。基因支持着生命的基本构造和性能。

基因功能富集分析

• GO数据库
  • 两大方面
    • ●Gene Ontology，生物功能(terms)之间的逻辑结构和它们之间的关系，表现为有向无环图(directedacyclic graph)
    • ●GO注释，基因产物(a protein, non-coding RNA, or macromolecular complex)对应的功能。
  • GO类别
    • 分子功能:由基因产物所执行的分子水平上的活性
    • 细胞组分:基因产物实现功能所在的细胞结构上的定位
    • 生物过程:由多个分子一起完成的生物程序、系统的过程
  • GO的结构是 垂直而松散的
    • 子(child) 节点相对于父( parent)节点的功能更加专一- 。
    • 父节点代表与图中根节点更近的节点，而子节点则更接近叶节点，因此，父节点所对应的描述更加宽泛，而子节点则更加专一，箭头代表关系的方向。点线表示推断的关系，而实线表示注释的关系。
    • 一个子节点可以有超过2个或以上的父节点。
  • GO的基因注释
    • 可信等级
      • TAS/IDA>IMP/IGI/IPI>ISS/IEP>NAS>IEA
    • GO Slim
      • 关于GO的缩减版本，间单地讲，为简化的Gene本体、简化GO的注释结果，将所有的GO注释归类到指定的数个GO功能分类上。
    • 查询基因的GO注释信息
      • NCBI Entrez Gene ( 所有物种)
      • GeneCards (物种人)
    • 子主题
• KEGG数据库 https://www.kegg.jp/
  • 四大方面
    • 系统信息
    • 基因组信息
    • 化学信息
    • 健康信息
  • KEGG PATHWAY数据库是一个手工画的代谢通路的集合，包含以下几方面的分子间相互作用、反应、代表细胞和物种系统功能的关系网络:新陈代谢、遗传信息加工、环境信息加工、细胞过程、生物体系统、人类疾病、药物开发。
  • 通路标注
    • “map"通路不标注颜色
    • “ ko/ec/rn”通路标注为蓝色，而物种特异的通路标注为绿色
    • 在完整的整个代谢通路图中
      • “map" pathways 被完全着色
      • 而“ko/ec/rn" pathways 和organism-specific pathways如果没有着色，则表示缺乏对应的对象
• 富集分析
  • 基于PANTHER,入口:http://www.geneontology.org/http://pantherdb.org/
  • 基于DAVID，https://david.ncifcrf.gov/
  • 基于g:Profiler : http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/index.cgi