一级结构：指蛋白质多肽链中氨基酸的序列。一级结构中主要的连接键是肽键。
测定
样品的纯度在97%以上；测定蛋白质的相对分子质量允许误差在10%左右；测定肽链的数目；测定蛋氨基酸的组成。
原理：一级结构的测定多用小片段重叠的原理，即用两种或两种以上不同的方法将蛋白质多肽链水解，各自得到一系列肽段，然后将这些肽段分离纯化，分别测定这些肽段的氨基酸序列。最后比较这些肽段之间的重叠。 关系，从而推出整个蛋白质分子中氨基酸的序列。
二级结构：蛋白质分子中多肽链本身的折叠和盘绕的方式，它仅涉及肽链中主链的构象，并不涉及侧链构象，维持结构稳定性的是氢键。
α螺旋结构：在阿尔法螺旋结构中，每3.6个氨基酸残基绕螺旋上升一圈，每圈的高度为0.54纳米，每个氨基酸残基沿轴上升0.15纳米。 。 氢键封闭环内的原子数为13个。 太迷恋中有脯氨酸时，α螺旋容易中断并产生一个”结节“;甘氨酸残基由于没有侧链的约束，难以形成阿尔法螺旋所需的稳定二面角；排练中连续存在带相同电荷的氨基酸残基。由于同性电荷相斥也会造成α螺旋不稳定； 多肽链中连续出现带庞大侧链的氨基酸如异亮氨酸残基，由于侧链R基团太大，产生空间位阻。
Ω环：几乎只出现在蛋白质分子的表面，而且以亲水氨基酸残基为主。它们在分子识别过程中可能起重要作用。侧链填入环中，该结构来自细胞色素的四十到54号残基。
超二级结构和结构域
超二级结构：有三种基本组合形式：α螺旋的聚集体（αα）；α螺旋与β螺旋的聚集体（βαβ）；β折叠的聚集体（ββ）
结构域：在较大的球状蛋白质分子中，多肽链往往形成几个紧密的球状构象，彼此分开，以松散的肽链相连。此球状勾选就是结构域；结构域是球状蛋白质的折叠单位。多肽链折叠的最后一步是结构域的缔合。
三级结构：指多肽链在二级结构的基础上进一步折叠盘绕成复杂的空间结构。二级结构涉及蛋白质分子或亚基内所有原子的空间排布，但不涉及亚基之间的关系。三级结构主要靠非共价键，如氢键，离子键，范德华力等来维持。 二硫键对蛋白质的稳定和三级结构的形成起重要作用。 不涉及亚基关系
四级结构：具有三级结构的蛋白质分子亚基按一定方式聚合起来成蛋白质大分子，即为蛋白质的四级结构。
α-角蛋白的特点是富含半胱氨酸，由胱氨酸二硫键连接相邻肽键，头发经硫醇处理，二硫键被还原发生断裂，形成巯基，用硫醇处理过的头发可以卷曲在用氧化剂处理，使肽链之间的巯基按新的组合形成新的二硫键。
