导图社区 LncRNA文献学习
关于LncRNA文献学习的思维导图,该导图包括选择主变量、主变量调节表型、间接机制、直接机制等内容,
医学,介绍了 胃母细胞瘤(Gastroblastoma)、丛状纤维黏液瘤(plexiform fibromyxoma)、周细胞瘤(Pericytoma)、伴GLI1基因重排的恶性上皮样肿瘤(Malignant Epithelioid Neoplasm with GLI1 Gene Rearrangements)的内容。
免疫评分及免疫参数的思维导图,主要内容有简介、预后免疫参数、免疫评分(Immunoscore)和免疫背景参数、预测性免疫参数。
中性粒细胞是最丰富的粒细胞类型,占人类所有白细胞的40%至70%。作为宿主抵抗入侵病原体的第一道防线,中性粒细胞具备固有的吞噬能力,可以吸收纳米颗粒和吞噬死亡的红细胞,并在激活后清除外来病原体和加载靶点;而且,还能跨血管迁移到临近组织。是执行体内医学任务的天然候选者。
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文章思路
选择主变量
筛选表达差异:siRNA文库,TCGA数据库
TMPO-AS1具有显著性差异表达
验证所筛选变量
细胞实验
TMPO-AS1与细胞的增殖、侵袭、迁移相关
临床相关性分析
TMPO-AS1与不良预后相关
分子定位
主要定位于细胞核
确定TMPO-AS1为研究的主变量
主变量调节表型
正反验证
动物实验
反向验证,缺乏正向验证
TMPO-AS1对增殖、侵袭、迁移表型具有调节作用
单变量论证
间接机制
效应变量的筛选
SYSUCC数据库
选中TMPO
两两调控
操作TMPO-AS1,TMPO变化
操作TMPO,TMPO-AS1不变
TMPO-AS1为上游,TMPO为下游
效应变量与表型关系
临床验证
细胞、动物反向验证,缺乏正向验证
TMPO对增殖、侵袭、迁移具有调节作用
效应变量的下游分子
筛选:qPCR阵列
MTAI,Cyclin D1
反向验证
TMPO对MTA1和CyclinD1具有调控功能
缺乏正向验证,且缺乏操作MTA1、CYnclinD1对TMPO影响的验证
确定TMPO-AS1/TMPO/MTA1、CyclinD1轴
直接机制
NRO检测
TMPO-AS1顺式调节TMPO的转录
筛选作用分子
UCSC基因组浏览器
选定H3K27ac
验证作用分子
ChIP-qPCR
TMPO-AS1诱导H3K27ac富集至启动子区域
直接作用?间接作用?
筛选相互结合蛋白
可能与FUS结合
验证结合蛋白
RNA-Pulldown
MS2-TRAP, WB
ChRIP, co-IP
IF, FISH共定位
TMPO-AS1与FUS、p300形成聚合物
TMPO-AS1与FUS、p300形成聚合物,诱导H3K27ac富集至TMPO的启动子区域,调节TMPO转录功能
TMPO-AS1与FUS、p300形成聚合物,诱导H3K27ac富集至TMPO的启动子区域,调节TMPO转录功能,进而调节MTA1,CyclinD1的表达,从而影响肿瘤的增殖、侵袭及迁移