第一集《独身与一人》：他们拥有梦想，总有一天，飞向广阔天空的梦想。知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。遥远的未来。人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着文明。在那当中建造的驾驶员居住设施“槲寄生”，通称“鸟笼”。孩子们就住在那里。对外面的世界一无所知。对自由的天空一无所知。他们被告知的使命，只有战斗而已。敌人是一切都被谜团覆盖的巨大生命体“叫龙”。为了对抗尚未见过的敌人，孩子们乘上被称为“弗兰克斯”的机器人。他们坚信，乘坐其中，就是对自己存在的证明。
有一位曾被称作神童的少年。代号016。名字是广。但现在他却跌落谷底。是不被人需要的存在。如果没有乘上弗兰克斯，就如同不存在一样。在这样的广面前，某天，一位被称作02的神秘少女出现了。她的额头，长着两根艳丽。
第四集《振翅》：满和02合作完后失常了，他指02想把自己的全部都吸干，让广有点惊慌；这时02被命令回前线，在02正要离开之际，广向02表白，自己想要和她一起驾驶弗兰克斯，于是两人一起出击，准备打败叫龙！
第七集《流星之延停》：02与广正式成为搭档，连同鹤望兰号正式列入第13部队管辖。有关02的谣言得以澄清，第13部队的孩子们开始接受02。第13部队因为之前的战斗而获得休假，全队到达海边游玩。就在海岸旁边，孩子们发现了一个废墟……
第十集《永恒之城》：上头对02等人至今为止的战绩评价很高，打算授予勋章给他们作奖赏。纯位数一直的努力终于得到了回报，勋章正代表他们能进入都市内部，而他们更是第一批被招待的孩子们。
第十三集《魔物与王子》：02和广的深层意识融合了，广看到了02的世界。小时候的02生活在一个居室，而广生活在只有孩子们生活的隔绝世界——花园。广一直有很多问题，可是大人们从来没给予答案，在游走着的广，透过窗户看到了被困的02。一次，广决定要打破窗户救走02，02把自己的绘本给广看……
第十六集《我们的每一天》：大裂口的战争导致都市被毁灭，广他们生活在米斯特汀接近一个月，在下一个指令下达前待机，02也渐渐融入了人类团队生活中，他们照顾自己的起居饮食，但心中会担忧是否被“爸爸”抛弃……
第二十集《新世界》：在上次战斗中，弗兰克斯小队镇压了大裂口，成功夺取了地下的巨大兵器“恒星实体”。他们将启动次兵器，目标是打倒所有敌人，但要有心里准备需付出巨大牺牲。
第二十三集《DARLING in the FRANXX》:孩子们上了宇宙中战斗，直冲APAS所在之处，希望把一切种族隔阂消除而战斗。广打算和02一起通过传送门，前往太阳系之外，不再回地球了……
第二集《名为连接之事》：对广十分满意的02，留在了13都市。但是广，与02乘上鹤望兰号时的记忆几乎都不记得了。想与02再次乘坐来证明。他一边抱着这样的想法，一边独自埋头于训练。另一方面，莓告诉02，希望她再也不要找广。此时，广的实机启动测试即将开始。被通知会根据测试结果来判定能否被选为真正的操纵者后，广抱起了希望。在那场测试中自愿报名成为广的搭档的人是——————莓
第五集《你的尖刺，我的印记》：第13都市和第26都市进行KISSING，两边派出队伍包括02、广、莓、五郎、心、太等人进行合作，制定作战计划以对付大举入侵的叫龙。莓心中对广的爱之幼芽开始萌发，同时广不顾身体出现的异常，坚决继续当02的搭档，追寻存在于世的价值。
第八集《男孩子x女孩子》：在战斗中，奇怪液体流到女生们的驾驶服上，驾驶服渐渐消失，男生们的“下流眼神”让女生们感到不高兴，她们决定要中止和男生们的共同生活……
第十一集《搭档交换》：他们又要开始准备作战，可是太不满意满让心来当诱饵而让她暴露在危险之中，而打了他。满之后答应了太以后会保护心……
第十四集《罪人与告白》：广与02一次作战因过度连接超出了身体负荷，体内黄血球指数超标，随时会龙化，意识开始混浊，莓对02十分愤怒，对于广能够确来，会否与02继续搭档……
第十七集《乐园》：任何存在都会迎来终结，在米斯特汀生活的的广他们，一天，02的队友们来到，告知他们仍是得到“爸爸”的重视，02十分珍视与广的回忆，以前甚至想成为人类在这隔绝外界地方生活一段时间，心思考着孕育下一代的问题……
第二十一集《为了最爱的你》：恒星实体自爆化得到了暂停，VIRM在背后的阴谋令这个星球随时牺牲，与叫龙公主有所接触后知道02是她的克隆体，02的存在价值，广被叫龙公主控制，02如何解救……
第二十四集《不要离开我》：通过传送门后783天，他们已经到敌人VIRM的母星附近了。可是明明就在身边，02却听不到DARLING的声音。原来敌人触碰了他的意识表面，他的肉体终有极限，归根结底是个脆弱的人类，即使维持着表面上的联系，他和02叫龙的结晶体终究无法相称……
第三集《战斗人偶》：在启动测试失败之后，广和莓变得很尴尬。广想要再次与02一起驾驶，并打算与七和八交涉。对于那样的广，五郎说出了某个传言。“与02一起驾驶的搭档，没有一个超过三次以上”。虽然知道此事，但广却回答没有其他的办法。此时，13部队决定进行第一次实战。但是APE本部却禁止鹤望兰号出击。“这样好吗？那些孩子都会被干掉哦？”广一边听着02的话语，一边以急不可待的心情注视着，这时13部队与叫龙遭遇……
第六集《DARLING in the FRANXX》：26部队及13部队联手出击，莓是这次行动的队长。但是他们遇上了Gutenberg（古登堡）级的对手，莓引领13部队，为鹤望兰号创造机会。广用一招击中对手却未击中核心，鹤望兰号被击飞后广晕了过去，并遭受致命攻击……
第九集《三角•炸弹》：每年，孩子们都有一次机会向“爸爸们”提出自己想要的东西，然后礼物就会随之送上。五郎看着广在02面前的笑容，五郎终于弄清自己对莓的情感。
第十二集《花园/初始的庭院》：他们成长的地方通称为花园，这里生活着上百的孩子们，是个驾驶员培育设施，还有像是俯视着这座花园一样建立在高处的研究所，我们将其称作实验室……
第十五集《比翼鸟》：本次作战的目的只有一个，那就是镇压大裂口地区。目前第4批联合中队正在进行攻击，但遇上叫龙们的反击，战局窘迫，第6批联合中队准备出击……
第十九集《无法成为人的人们》：郁乃不管弗兰克斯必须靠男女搭档才能启动，决定鼓起勇气向莓表白。郁乃以为莓会因此讨厌她，但莓的反应却出乎意料。心和满举办结婚典礼，但在婚礼中途，竟然有人前在阻挠。
第二十二集《观星者》：离开都市之后，粮食已经不足够让大家能够生存，大家每天都在努力工作，想尽办法生存，可是叫龙却突然出现，加上心怀孕了，莓又因过劳晕倒了，02因心在恒星实体里而精神恍惚，广在此时决定要出发去宇宙，找回02。
尾声：已叫龙化的广最终被02唤醒，他们褪下恒星实体的外壳，利用里面的鹤望兰号击穿了炸弹，引爆了VIRM的母星。最终，02与广化作了红蓝两个光点飞向了遥远的太空。02在地球上的身体化为了一棵桃树，在很久以后桃树越长越大，一直没有枯萎。一天，红蓝两个光点落在桃树上，在桃树之下，一个小男孩正在阅读，并扶起了摔倒的粉发小女孩，就像曾经的02与广，而他们的朋友们正憧憬着美好自由的未来……
