明朝建立后，百废待兴，朱元璋无暇顾及国家机构的调整，故仍旧沿袭元朝的中书省宰相负责制，在中央设立中书省作为辅佐皇帝处理政务的机构。随着元朝势力向北败退，朱元璋的治国方略也在逐步转变。为了加强君权，打击相权，废除了中书省及丞相制度。 在地方实行行省制度，改元朝之行省为承宣布政使司，布政使司仅主管民政，又设提刑按察使司掌刑狱，都指挥使司掌军政，合称都、布、按三司，遇大事由三司会商。
一、皇宫辅臣
皇宫辅臣
宗人府（宗人令，左、右宗正，左、右宗人，俱正一品；管理皇族事务）
太医院
十三科医官
即大脉方、小脉方、妇人、疮疡、针灸、眼科、口齿、接骨、咽喉、金镞、 按摩、祝由
二、中央政府
皇帝
六部
户部
浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三清吏司
明初设立总督仓场来管理全国粮仓，其官员由户部尚书或侍郎兼署
刑部
浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三清吏司
明朝内阁制度的特点：
1、形成时期长，而且始终没有取得法定的地位，始终不是中央一级正式的行政机构。 2、内阁与皇权矛盾重重，又始终屈服在皇权的重压下。
3、内阁受制于司礼监，矛盾深刻。由于地位的特殊性，但又不得不依靠司礼监。
4、内阁与六部经常互争雄长，矛盾重重。两者职权界限不清，工作上彼此失调，大大影响了 明政府的行政效率
5、内阁中阁臣相互倾轧，矛盾突出，尤其是“嘉靖以来之首辅，莫不由倾轧排挤而得之“。
六科：
吏、户、礼、兵、刑、工六科，主要职能：审核公文、言谏议政、考察官更、监督六部。（给事中，正七品；左、右给事中人，从七品）
通政司
收受、检查内外奏章和申诉文书的中央机构。（通政使，正三品）
五寺
大理寺
掌审揪平反刑狱之政令，为复审机构。国家最高法院。（大理寺卿，正三品）
光禄寺
受礼部指导，置办祭品，准备宫廷宴席、外交宴会。（光禄寺卿，从三品）
太常寺
管国家祭祀礼乐，业务上受礼部指导，礼部出政策，太常寺执行。（太常寺卿，正三品）
鸿胪寺
掌朝会、宾客、吉凶仪礼引见赞仪（鸿胪寺卿，正四品）
翰林院
皇帝文学侍从，宰相揺篮，朝廷高级人才储备库，明代入阁大臣，除前期和崇祯朝外，几乎每天清一色出自翰林院。
国子监
国家最高学府，最高教育行政管理机构。（祭酒，从四品）
锦衣卫都指挥使
掌管刑狱，赋予巡察缉捕之权，下设南、北镇抚司，从事侦察、逮捕、审问等活动。（指挥使，正三品）
五城兵马司
负责京城治安管理，文官而非武官，其地位职责类似两京知县，但不归顺天府、应天府地方管辖而归巡城御史管辖。（指挥，正六品）
五军都督府
分为中、左、右、前、后五军都督府，分别管理京师乃各地卫所。五军都督府各设左、右都督，正一品；都督同知，从一品；都督佥事，正二品，以中军都督府断事官为五军断事官。
南京督察院：设右都御史一人，右副都御史一人，右佥都御史一人，司务、经历、都事、照磨各一人，司狱二人。（嘉庆三十七年，革司狱一人。隆庆四年，革都事。）南京督察院共有监察御史30人，两京合计监察御史共140人。
明朝督察院不仅可以对审判机关进行监督，还拥有“大事奏裁、小事立断”的权利，为最高检察机关。
内阁大学士作为皇帝的最高顾问和最高幕僚，核心权力是“票拟”和“封驳”，票拟即奏章呈阅皇帝之前，由内阁将批阅建议写在小条附在奏章上，供皇帝裁决参考；封驳即如阁臣认为上谕不对，可以暂不拟旨，而向皇帝再行请示。
六部官员品级
尚书（正二品）
左、右侍郎（正三品）
郎中（正五品）
员外郎（从五品）
主事（正六品）
三公三孤为皇帝的辅佐官，职位崇高，无定员，无专责，实为虚衔。
宣德年间设置提督易州山厂，掌管办所用柴炭，主管多为工部尚书或侍郎
