生物学数据库

第三章知识大纲，包括生物学数据库简介、生物学数据库的数据存储格式、生物学数据库的检索三个部分。

第三章

• 3.1生物学数据库简介
  • 数据库概念
  • 数据库类型
    • 平面文件
    • 关系型数据库
    • 面向对象数据库
    • 基于Internet平台的XML
  • 生物学数据库
    • 生物学数据库分类
      • 一级数据库
      • 二级数据库
      • 专用数据库
    • 查找生物学数据库资源
      • 《Nucleic Acid Research》每年年初的第一期
    • 重要的生物学数据库
      • 核酸序列数据库
        • GenBank
        • EMBL
        • DDBJ
      • 蛋白质序列数据库
        • Uniprot
        • SWISS-PROT
        • PIR
        • TrEMBL
      • 结构数据库
        • PDB
      • 基因组数据库
        • 病毒
        • 大肠杆菌
        • 酿酒酵母
        • 秀丽线虫
        • 果蝇
        • 拟南芥
        • 水稻
        • 非洲爪蟾
        • 斑马鱼
        • 小鼠
  • 重要的生物信息站点
    • NCBI
    • EBI
    • SIB
• 3.2生物学数据库的数据存储格式
  • 平面文件格式----Flat File
    • 序列格式
      • 1.二进制格式
      • 2.文本格式
        • seq
        • FASTA
      • 3.加入注释的文本格式
        • GBFF(GenBank、EMBL、DDBJ）
  • XML格式
  • JSON格式
  • 关系型数据库
• 3.3生物学数据库的检索
  • NCBI的Entrez系统
    • 使用方法
      • 全局检索
      • 精确检索
      • 批量检索
      • My NCBI
  • EBI的SRS系统
    • 使用方法
      • 快速文本检索
      • 标准检索
      • 批量检索
      • 扩展检索
      • 搜索式检索
      • 字段索引检索
  • 使用专门的检索工具
    • DaTo