Day13 单基因课题设计思路

Day13 单基因课题设计思路的思维导图，“低配”设计框架：表达差异图和配对样本图、临床分组表达差异图、基线资料表、单/多因素 Cox 回归分析、生存分析（KM 曲线）。

单基因课题设计思路

• 两恒量两变量
  • 疾病
    • 肿瘤
    • 非肿瘤
  • 问题
    • 多层次
    • 多数据
    • 多靶点
    • 多表型
  • 数据特征
    • 数据来源
    • 分子类型
    • 实验方法
  • 分析策略
    • 差异基因
    • 聚类分析
    • 交互网络
    • 临床意义
• 验证方法
  • 通过临床样本进行验证
    • 利用你现在手头上的患者及对应的临床信息和表达谱来验证
  • 通过基础实验进行验证
    • 验证表达差异、观察病理切片
• 设计框架
  • “低配”设计框架
    • 表达差异图和配对样本图
    • 临床分组表达差异图
    • 差异基因
    • 基线资料表
    • 单/多因素 Cox 回归分析
    • 生存分析（KM 曲线）
    • 临床意义
  • “满配”设计框架
    • 数据整理
      • 数据标准化的箱线图可以展现芯片矫正前后的表达情况
    • 表达差异
      • 有单基因泛癌比较图
      • 差异分析火山图
      • 单基因差异筛选火山图
      • PCA 图
      • 基因突变景观图
      • 基因突变棒棒糖图
      • IHC 病理切片
    • 聚类分析
      • GOKEGG 分析
      • GSEA 分析
      • GSVA 分析
      • WGCNA 分析
    • 交互网络
      • 免疫浸润分析
      • 表达相关散点图
      • 共表达热图
      • 相关性热图
      • 相关性网络图
      • PPI 网络图
      • 基因-RBP/miRNA/TF/药物等网络图
      • 棒棒糖图
      • 相关性散点图
      • 泛癌热图
      • 分组差异比较图
    • 临床意义
      • Logistic 回归分析
      • 森林图
      • 风险因子图
      • 列线图
      • DCA 图
      • 诊断 ROC
      • 时间依赖 ROC