导图社区 Day19.2 TIMER2.0数据库
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TIMER2.0数据库
基本介绍
网址：http://timer.comp-genomics.org/
功能模块
肿瘤免疫浸润相关性分析模块
基因分析: 探索TCGA数据集中免疫细胞浸润与基因表达之间的相关性
突变:评估基因突变状态和免疫细胞浸润的相关性
拷贝数变异:评估基因拷贝数改变和免疫细胞浸润的相关性
临床结局:评估免疫细胞浸润和临床结局的相关性
肿瘤基因差异性表达分析模块
基因差异:在肿瘤和正常组织基因表达差异
基因临床结局: 基因表达水平与临床结局的相关性
基因突变:在不同突变状态下基因的表达水平
基因相关性:不同基因之间的相关性
个人数据免疫浸润情况评估模块
评估: 通过TIMER、CIBERSORT、guanTIseg、xCell、MCP、counter和EPIC算法对用户提供的表达谱数据进行免疫浸润估计
注意
使用该数据库，需要引用的文献信息
DOI
10.1093/nar/gkaa407
10.1158/0008-5472.CAN-17-0307
10.1186/s13059-016-1028-7
Immune Association模块
Gene步骤
1.点击Immune-Gene-选择基因-输入免疫细胞类型-提交内容
2.点击相关系数
Mutation步骤
1.点击Immune-Mutation-选择基因-输入免疫细胞类型-提交内容
2.点击Log2FC查看小提琴图
sCNA步骤
1.点击Immune-sCNA-选择基因-输入免疫细胞类型-提交内容
Outcome步骤
1.点击Immune-Outcome-选择基因-输入免疫细胞类型-选择协变量临床特征-选择临床指标，提交内容
2.点击Z值得到意义及生存曲线图
Immune Estimation模块
1.选择Estimation-上传自己的表达谱数据-选择物种-选择肿瘤类型-运行分析
2.点击模块主页RUN后可以获得分析结果
Cancer exploration模块
Gene_DR步骤
1.点击exploration-Gene_DE-选择基因-提交分析
Gene_Outcome步骤
1.点击exploration-Gene_Outcome-选择基因-提交分析
Gene_Mutation步骤
1.点击exploration-Gene_Mutation-选择背景突变基因-选择分析基因-提交分析
Gene_Corr步骤
1.点击exploration-Gene_Corr-选择感兴趣的基因-选择分析基因-提交分析
2.点击相关系数查看散点图
