ACMG_标准与指南

ACMG_标准与指南 对2015年美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG发布的序列变异解读指南的一个总结。

ACMG_标准与指南

• 致病变异分级评价标准
  • PVS1
    • LOF使其致病机制的无效变异
  • PS
    • PS1
      • 与已确定为致病变异有相同的氨基酸改变
    • PS2
      • 经过双亲验证的新发变异
    • PS3
      • 体内、体外功能实验已明确会导致基因功能受损的变异
    • PS4
      • 变异出现在患病群体中的频率显著高于对照群体
  • PM
    • PM1
      • 位于热点突变区域和/或关键功能域
    • PM2
      • 正常人群数据库中未发现的变异
    • PM3
      • in-trans致病变异
    • PM4
      • 插入/缺失变异导致非移码突变的蛋白长度改变
    • PM5
      • 在同一个位置有另外一个已知致病的氨基酸变异
    • PM6
      • 未经父母样本验证的新发变异
  • PP
    • PP1
      • 变异与疾病在家系中共分离
    • PP2
      • 已知这个基因的错义变异是造成某种疾病的原因, 并且这个基因中良性变异所占的比例很小, 在这样的基因中所发现的新的错义变异
    • PP3
      • 多种软件预测出该变异会对基因或基因产物造成有害的影响
    • PP4
      • 变异携带者的表型或家族史高度符合某种单基因遗传疾病
    • PP5
      • 有可靠信誉来源的报告认为该变异为致病的, 但证据尚不足以支持进行实验室独立评估
• 相关数据库
  • 人群数据库
  • 疾病数据库
  • 序列数据库
  • 其他特殊数据库
• HGVS标准命名
  • 转录本选取
  • 编码DNA序列
  • 蛋白质序列
• 科学和医学文献
  • 功能数据信息
  • 共分离数据信息
  • 新发数据信息
  • 等位基因数据
  • 表型数据信息
• 生物信息学软件预测
  • 错义预测
  • 剪切位点预测
  • 核酸保守型预测
  • 其他预测