生信分析套路

生信分析的一般流程和常用数据库、分析方法大纲。根据解螺旋课程整理。

生信分析套路

• 数据检索
  • GEO
  • TCGA
  • Oncomic
  • 数据量要够
    • 宁可错留一千，不可放过一个
    • 多个数据库检索
      • SRA
      • dbGAP
    • 关键词尽可能少
    • 关键词的近义词
    • 从文章中追溯数据
• 数据处理
  • 差异基因筛选
    • GEO2R
      • 高分文章少用
      • 多用R limma包
    • venn取交集
      • SVA去除批间差异后Meta分析
    • 附录提供芯片预处理后指控结果
  • 基因功能注释
    • 上调基因和下调基因不建议分开进行功能富集分析
      • 否则遗漏原本p值显著的重要通路
    • UCSC cancer browser层次聚类
      • 应该提供具有生物学价值的信息
      • 无监督聚类
      • 有监督聚类
        • 基因是经过筛选的
          • 应该尽量用筛选基因所用的表型来表征样本信息
  • 分子网络构建
    • STRING
      • Cytoscape
  • 关键基因鉴定
• 数据利用
  • 分析方法
    • 差异基因表达（DEG）
      • 变化倍数
        • fold change
      • 置信度
        • R limma
        • GEO2R
          • 本质＆limma一样
        • MEV
    • 功能富集分析
      • GO
        • CC
        • MF
        • BP
      • KEGG
      • 工具
        • R
          • topGO
          • Gostat
        • online tools
          • DAVID
        • GSEA
        • cytoscape
          • BinGo
          • ClueGo
          • Cluepedia
    • 聚类分析
    • 网络分析
    • 临床指标关联分析
      • survival
      • correlation test
• hub gene
  • cBioPortal
    • co-exprssion
    • 来源于TCGA
  • cytoscape（BinGo）
    • BP
  • UCSC
    • 聚类