导图社区 单细胞转录组数据分析
介绍了10x genomics测序数据的一般分析流程、大纲。根据基迪奥《单细胞测序完全解析》整理。
详细介绍了流式分选的样本准备、分选过程以及机器维护的注意事项。根据线上讲座整理。
介绍了NKG2D分子是什么、表达范围,肿瘤通过NKG2D/NKG2DL逃逸免疫反应的机制。根据一篇关于NKG2D的综述整理。
社区模板帮助中心,点此进入>>
安全教育的重要性
个人日常活动安排思维导图
西游记主要人物性格分析
17种头脑风暴法
小儿常见病的辩证与护理
蛋白质
如何令自己更快乐
头脑风暴法四个原则
均衡饮食一周计划
思维导图
单细胞转录组数据分析
过滤
空载数据
单细胞悬液中存在细胞破裂产生的游离RNA,但是数量少
过滤掉检测基因数太少的单细胞数据
过载的GEM数据
合胞体
过滤掉检测基因数太高的数据
状态异常的细胞信息
衰亡自噬
过滤掉线粒体表达比例太高的数据
细胞聚类
步骤
计算细胞间RNA差异度
将差异度小于特定值的细胞归为一个亚群
分群随参数调整而变化
映射
PCA
主成分分析
线性降维
PCA1,PCA2,PCA3
实验处理和批次的差异,离群值
tSNE
是否能理解为保留了更多的维度,从而形成更精细的聚类
非线性降维
映射内容
细胞亚群
样本来源
基因
标记基因筛选
一般研究上调基因
1对其他组比较
因为组内异质性大,因而组间差异显著性低
降低选择阈值
亚群鉴定
参考已有文献和数据库
哈尔滨医科大学做的数据库
cancerSEA
cellmarker
自动化细胞注释软件
singleR
Celaref
标记基因与测序数据对比
合并同类亚群
关注新的标记基因
如转录因子
新亚群
数据质量?
新的亚群?
标记基因展示
琴图
气泡图
热图
细胞分化轨迹分析
或称 拟时间分析
发现新的亚群
分析细胞分化轨迹
数据筛选
筛选存在分化关系的细胞亚群
只保留存在差异或变异较大的基因用于分析
或选择预设的基因
分化起点
根据生物学知识,较为原始的细胞为起点
有时没有起点,两个分支末端的细胞可以相互转换
发现结点基因
发现与分化方向存在相关性的基因
基因调控网络分析
谁处于调控网络的中心
两个基因之间的调控关系?
WGCNA是最常见方法