分子的动能:包括分子的平动能、转动能和振动动能(分子的振动同时具有振动势能,一般将振动动能和振动势能统称为振动能)。
分子内部的能量:分子(包括一般所指的分子、原子和离子,见前文注)内部的能量主要取决于电子的能量和核内部的能量。核内部的能量仅在核物理过程中发生变化,因此在其它一切情形时,都可以认为分子内部的能量主要就是电子的能量。更准确地说包括了电子的动能,电子和核的引力势能,电子和电子间的斥力势能(单电子原子、离子或分子不存在该能),核与核间的斥力势能(不存在化学键的孤立原子不存在该能)。
分子间的相互作用势能:该种势能来源于分子间的引力和斥力。分子间力又称范德华力,广义的分子间力还包括氢键力等分子间特殊作用力。分子间力本质上都是电磁力,其大小、正负(即表现为引力还是斥力)由分子的偶极矩和分子间的距离所决定。由于电子的运动是随机的,因此分子的偶极矩的大小和方向也是随机的,从而分子间引力和斥力同时存在并不断变化(化学键力本质上也是电磁力,但存在于分子内部,并且大小比分子间力大1-2个数量级)。