生物信息学科发展主要事件

下图汇总1962年至2015年间生物信息学科发展主要事件及已经完成的基因组测序的植物。

生物信息学科 发展主要事件

• 1962
  • Pauling提出分子进化理论
• 1967
  • Dayhoff构建蛋白质序列数据库
• 1970
  • Needleman-Wunsch算法被提出
• 1977
  • Staden利用计算机软件分析DNA序列
• 1981
  • 序列模序（motif）的概念被提出（Doolittle）
• 1982
  • GenBank数据库（Release3）公开；EMBL创立
• 1983
  • Wilbur和Lipman提出序列数据库的搜索算法（Wilber-Lipman算法）
• 1985
  • 快速序列相似性搜索程序FASTP/FASTN发布
• 1988
  • 美国国家生物技术信息中心（NCBI）创立
• 1990
  • 快速序列相似性搜索程序BLAST发布
• 1991
  • 表达序列标签（EST）概念被提出，从此开创EST测序
• 1993
  • 英国Sanger中心在英国剑桥建立
• 1994
  • 欧洲生物信息学研究所在英国Hinxton成立
• 1995
  • 第一个细菌基因组测序完成
• 1996
  • 酵母基因组测序完成
• 1997
  • PSI-BLAST（BLAST系列程序之一）发布
• 1998
  • 多细胞线虫基因组测序完成
• 1999
  • 果蝇基因组测序完成
• 2000
  • 植物拟南芥等基因组序列公布
    • 125M
      • Nature
• 2001
  • 人类基因组草图公布
• 2002
  • 水稻基因组发布
    • 466M
      • Science
• 2004
  • 蛋白质组学兴起
• 2005
  • 第二代高通量测序技术出现
• 2006
  • 杨树基因组
    • 480M
      • Science
• 2007
  • 葡萄基因组
    • 490M
      • Nature
  • 衣藻基因组
    • 130M
      • Science
• 2008
  • 基于高通量测序的转录组测序技术RNA-SEQ等出现
  • 小立碗藓基因组
    • 480M
      • Science
  • 番木瓜基因组
    • 370M
      • Nature
  • 百脉根基因组
    • 472M
      • DNA Res.
  • 三角褐指藻基因组
    • 27.4M
      • Nature
• 2009
  • 第三代高通量测序技术出现
  • 高粱基因组
    • 730M
      • Nature
  • 玉米基因组
    • 2300M
      • Science
  • 黄瓜基因组
    • 350M
      • Nature Genetics
• 2010
  • 大豆基因组
    • 1100M
      • Nature
  • 二穗短柄草基因组
    • 260M
      • Nature
  • 褐藻基因组
    • 196M
      • Nature
  • 团藻基因组
    • 138M
      • Science
  • 蓖麻基因组
    • 350M
      • Nature Biotechnology
  • 小球藻基因组
    • 46M
      • Plant Cell
  • 苹果基因组
    • 742M
      • Nature Genetics
  • 森林草莓基因组
    • 240M
      • Nature Genetics
  • 可可树基因组
    • 430-M
      • Nature Genetics
  • 野生大豆基因组
    • 915.4M
      • PNAS
  • 麻风树基因组
    • 410M
      • DNA Res.
• 2011
  • 褐潮藻类基因组
    • 57M
      • PNAS
  • 卷柏基因组
    • 212M
      • Science
  • 枣椰树基因组
    • 685M
      • Nature Biotechnology
  • 琴叶拟南芥基因组
    • 206.7M
      • Nature Genetics
  • 马铃薯基因组
    • 844M
      • Nature
  • 条叶蓝芥基因组
    • 140M
      • Nature Genetics
  • 白菜基因组
    • 485M
      • Nature Genetics
  • 印度大麻基因组
    • 534M
      • Genome Biology
  • 木豆基因组
    • 833M
      • Nature Biotechnology
  • 蒺藜苜蓿基因组
    • 500M
      • Nature
• 2012
  • 蓝载藻基因组
    • 70M
      • Science
  • 谷子基因组
    • 490M
      • Nature Biotechnology
  • 番茄基因组
    • 900M
      • Nature
  • 甜瓜基因组
    • 450M
      • PNAS
  • 亚麻基因组
    • 373M
      • Plant Journal
  • 盐芥基因组
    • 260M
      • PNAS
  • 香蕉基因组
    • 523M
      • Nature
  • 雷蒙德氏棉基因组
    • 775.2M
      • Nature Genetics
  • 大麦基因组
    • 5.1G
      • Nature
  • 梨基因组
    • 527M
      • Genome Research
  • 西瓜基因组
    • 425M
      • Nature Genetics
  • 甜橙基因组
    • 367M
      • Nature Genetics
  • 小麦基因组
    • 17G
      • Nature
  • 棉花基因组
    • 761.4M
      • Nature
  • 梅花基因组
    • 280M
      • Nature Communications
• 2013
  • 鹰嘴豆基因组
    • 738M
      • Nature Biotechnology
  • 橡胶树基因组
    • 2.15G
      • BMC Genomics
  • 毛竹基因组
    • 2.075G
      • Nature Genetics
  • 短花药野生稻基因组
    • 342M-362M
      • Nature Communications
  • 小麦A基因组
    • 4.94G
      • Nature
  • 小麦D基因组
    • 4.36G
      • Nature
  • 桃树基因组
    • 265M
      • Nature Genetics
  • 丝叶狸藻基因组
    • 82M
      • Nature
  • 中国莲基因组
    • 929M
      • Genome Biology
  • 挪威云杉基因组
    • 19.6G
      • Nature
  • 海洋球石藻基因组
    • 141.7M
      • Nature
  • 虫黄藻基因组
    • 1.5G
      • Current Biology
  • 油棕榈基因组
    • 1.8G
      • Nature
  • 枣椰树基因组
    • 671M
      • Nature Communications
  • 醉蝶花基因组
    • 290M
      • Plant Cell
  • 莲基因组
    • 879M
      • Plant Journal
  • 桑树基因组
    • 357M
      • Nature Communications
  • 康乃馨基因组
    • 622M
      • DNA Research
  • 胡杨基因组
    • 496.5M
      • Nature Communications
  • 猕猴桃基因组
    • 616.1M
      • Nature Communications
  • 人工栽培草莓基因组
    • 698M
      • DNA Research
  • 甜菜基因组
    • 566.6M
      • Nature
  • 无油樟（互叶梅）基因组
    • 748M
      • Science
• 2014
  • 木本棉基因组
    • 1694M
      • Nature Genetics
  • 芝麻基因组
    • 357M
      • Genome Biology
  • 火炬松基因组
    • 20.15G
      • Genetics
  • 紫背萍基因组
    • 158M
      • Nature Communications
  • 川椒基因组
    • 3.48G
      • Nature Genetics
  • 辣椒基因组
    • 3.48G
      • Nature Genetics
  • 萝卜基因组
    • 402M
      • DNA Research
  • 甘蓝基因组
    • 630M
      • Nature Communications
  • 菜豆基因组
    • 587M
      • Nature Genetics
  • 野生番茄基因组
    • 942M
      • Nature Genetics
  • 非洲野生稻基因组
    • 316M
      • Nature Genetics
  • 油菜基因组
    • 630M
      • Science
  • 中果咖啡基因组
    • 710M
      • Science
  • 茄子基因组
    • 1093M
      • DNA Research
  • 绿豆基因组
    • 543M
      • Nature Communications
  • 啤酒花基因组
    • 2.57G
      • Plant and Cell Physiology
  • 蝴蝶兰基因组
    • 1.16G
      • Nature Genetics
  • 铁皮石槲基因组
    • 1.35G
      • Molecular Plant
• 2015
  • 报春花基因组
    • 479M
      • Genome Biology
  • 丝叶狸藻基因组
    • 82M
      • Molecular Biology and Evolution
  • 陆地棉基因组（南农）
    • 2.5G
      • Nature Biotechnology
  • 陆地棉基因组（棉花所）
    • 2.173G
      • Nature Biotechnology
  • 海带基因组
    • 537M
      • Nature Communications
  • 小豆基因组
    • 542M
      • Nature Communications
  • 菠萝基因组
    • 526M
      • Nature Genetics
  • Oropetium thomaeum
    • 245M
      • Nature
  • 甲藻物种 S. kawagutii
    • 1.18G
      • Science