癌症数据库

恶性肿瘤就是人们所说的癌症，它是100多种相关疾病的统称。当身体内细胞发生突变后，它会不断地分裂，不受身体控制，最后形成癌症。下图梳理了癌症相关数据库，有需要的朋友收藏下图吧！

癌症相关数据库

• 类别
  • 基因组变异数据库(突变、SNP、 插入、缺失、拷贝)，如COSMIC、TCGA
  • 癌症相关基因数据库(促癌、抑癌基因、转移相关基因)，如CCGD、HCMDB
  • 癌症基因表达数据库(利用基因芯片、测序检测等技术检测基因在各癌症的表达情况、差异表达分析)，如Oncomine、GEPIA
  • 癌症表观遗传修饰数据库(DNA甲基化、表观遗传修饰)
  • 非编码RNA (癌症相关miRNAs, circRNAs， IncRNAs等 )，如miRCancer
  • 癌症调节网络关系数据库(癌症基因间的调节关系)
  • 癌症大规模数据储存、分析平台(癌症相关高通量数据的查询、访问及分析)
• TCGA
  • 涉及33种癌症，一万多个病人，样本包含癌症组织、癌旁组织，血液等
  • 数据类型
    • ●DNA mutation
    • ●Copy-number variation
    • ●Gene expression
    • ●DNA methylation
    • ●MicroRNA activity
    • ●Cellular protein activity
    • ●Clinical data
  • 数据水平
    • 原始数据，被控制访问(controlled),如fastq、 fasta 文件。
    • 处理的数据，被控制访问(controlled)，如read比 对基因组的bam文件。
    • 被分割或解释的数据，公开(open)，如标准化后的最终基因表达值。
    • 感兴趣的区域或概要信息，基于两个或多个数据的关联，公开(open)。
  • 数据访问与下载
  • 数据分析
    • 点击Analysis
      • Set Operations 对所保存的数据集做交集或并集分析
      • Cohort Comparison 对所保存的数据集进行生存分析以及性别、存活情况、年龄的分布
    • 1.建立数据集，分别选中COAD和READ种突变频率最高的top100个基因。
    • 2.保存数据集
    • 3.点击Analysis，选择数据集
  • 在线分析工具: GEPIA
    • 打开主页，输入基因名
    • 肿瘤（红）和正常（绿）组织中的表达情况，颜色深浅表示表达高低。
    • 查看在具体某个癌症的表达情况
      • Expression DIY ---> Boxplot
      • 选择所关心的癌症(可选择多个)
        • 如果选择TCGA和GTEx，表示正常样本加上GTEx数据库的正常样本
        • 如果选择只是TCGA，表示正常样本只来自TCGA。
    • 查看在某癌症不同期的表达情况
      • Expression DIY ---> Stage
    • 生存分析
      • Survival ---> Survival Plots
        • 第一列，选择高低表达的分组
        • 第二列，选择生存时间单位
      • Survival> Most Differential Survival Genes
        • 左边，选择要分析的癌症 右边，选择高低表达的分组
    • 癌症差异表达分析
      • Differential Genes
      • 左边，选择要分析的癌症；右边，选择差异表达的方向
      • Top 10.上调的基因
      • 选择both,点击plot
• 甲基化数据库
  • MethHC:提供TCGA检测的各癌症基因甲基化信息
  • Browser top250，显示每种癌症种甲基化水平最高或者变化最高的250个基因。
  • 检索功能:选择Gene Search,搜索基因甲基化情况
    • 上边，选择一种或多种癌症
    • 下边，输入基因