鞭毛虫纲：具鞭毛，根据营养方式又分为两个亚纲
（1）植鞭毛纲：虫体通常具色素体，能进行光合作用，属自养型。
（2）动鞭毛纲：虫体一般无色素体，为异养型，许多种类营寄生生活。
肉足虫纲：具伪足，细胞构造简单，生活中常出现带鞭毛的配子期，分两亚纲
（1）足跟亚纲：伪足无轴型，分三目。
变形虫目：寄生于人体肠道内，能溶解肠壁组织引发痢疾。
有孔虫目：虫体具碳酸钙质的单室或多室外壳，壳上多孔，伪足从小孔伸出，种类和数量巨大。虫体死后其坚硬的外壳沉积海底，形成了富含钙质、硅质的特殊软泥，覆盖了世界海洋1/3的海底。
孢子虫纲：虫体无摄食消化器，全部寄生，具有侵入宿主的顶复合器，生活史复杂。小配子期常具鞭毛，孢子多能变形运动。分两亚纲。
（1）晚孢子亚纲：顶复合器发达，大多数种类有孢子的形成，全部种类有子孢子，分两目。
球虫目：如间日疟原虫，由雌按蚊传播，在人体血液，肝细胞中寄生，引发疟疾，隔日发作。
（2）焦虫亚纲：顶复合器不发达，无配子生殖和孢子生殖，仅一目。
丝孢子虫纲：虫体具极囊或盘卷级丝。分两亚纲。
（1）黏孢子亚纲：孢子一端具1～4个极囊，孢子大，有2～3个不同形状的瓣所包围，多寄生鱼的体表。
（2）微孢子亚纲：孢子一般只具一条级丝，孢子小，只有一个瓣。多寄生节肢动物身上。
纤毛虫纲：体表具短纤毛，是构造最复杂的一类原生动物。根据纤毛模式和胞口构造等分为三亚纲七目。
（1）动片亚纲：体表纤毛均匀分布，无复合纤毛器。分四目。
裸口目：口区无纤毛，胞口直接开口于体表，如长颈虫。
下毛目：体前端有一对外质漏斗，其内有纤毛并伸入胞口胞咽，如蓝管虫。
吸管虫目：幼体具纤毛，自由生活，成虫无纤毛，具触手和柄，固着生活，如足吸管虫。
（2）寡毛亚纲：口区发达，多数具复合纤毛器。分两目。
膜口目：口前腔中有纤毛构成小膜带或波动膜，如草履虫。
缘毛目：体表纤毛退化消失，虫体顶端具口盘，口盘周围有波动膜或口旁纤毛带，如车轮虫。
（3）多膜亚纲：口区具显著的口旁小膜带，体表纤毛一致或成为复合纤毛结构，如棘毛。仅一目。