导图社区 生信小TOP
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去芜取精 (猜分子)
两种场景
高通量筛选出几个备选分子后,从中取一
没有数据,直接从文献里猜
三个原则
报道没有超过2篇的
分子类型
NCBI的数据库
Genecards
验证
肿瘤方面:用数据库or自己做预实验去做表达的验证
其他疾病:没有数据库可以去找文献
四大技巧
最后的备选分子千万不要只有1个,最好有2-3个
选有表型的新分子,没有报道过的,基本是一篇SCI能不能出来的关键一步
以通量解决概率问题 (拿到高通量数据分析结果后,差异基因分析最为重要)
表型相关性移植分子(同一个分子,换不同的表型和疾病研究)
提高命中率
GEO数据库应用示例
差异基因挖掘
适用场景:寻找研究目标(基因)
寻找疾病样本与正常样本的差异表达基因
样本可以是组织、细胞等等
种属不限,可以是人、小鼠、兔子、海藻等等
操作流程
输入关键字,检索到目标数据集
选择GEO DataSets
选择仅显示系列结果
对数据集进行差异分析
进入GEO2R
找准目标基因并分组
分析结果用Excel打开, 筛选PValue<0.05以及|logFC|≥ 1
如有多个数据集可利用韦恩图分析交集
把差异基因集的SEQUENCE分别复制到ist中
对交集中的序列进一步分析
拷贝到新的shee中,把相应的探针D、p值以及logFC值拷贝过来
如没有给出LncRNA的名字,用BLAST工具网页
基因表达数据挖掘