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MOOSE软件的编译:1.WSL中Ubuntu无法正常安装Intel parallel xe studio, Debian gcc 版本过低,建议由9升到10, 虚拟机性能损
编辑于2022-09-19 12:11:09 福建省分子动力学
运行环境
ubuntu_2004
1. WSL中Ubuntu无法正常安装Intel parallel xe studio, Debian gcc 版本过低,建议由9升到10, 虚拟机性能损失太大 升级WSL至WSL2
2. https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install-manual#download-using-powershell
3. 选择相应的Linux发行版下载
4. 更改后缀 appx --> zip,并解压
替代
vmware 15+ ubuntu 20
5. 运行
6. 完成用户名和密码的设置
7. 更换apt为国内清华源 (用gedit进行编辑)
https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/ubuntu/
sudo apt install apt-transport-https ca-certificates vim
https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/debian/
查看版本号:cat /etc/*-release
sudo gedit /etc/apt/sources.list
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
8. sudo apt-get update
9. 升级Debian10
更换 源
由 strench --> buster
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get dist-upgrade
sudo apt-get autoremove
清理无效的软件包
10. 添加中文输入法
有平台
sudo apt install fcitx fcitx-table-wbpy
安装 fcitx 框架
imconfig中配置fcitx
setting --> region & language --> manage installed language --> 添加 chinese (simplification) 同时 --> 回到上一级 添加 汉语
sudo apt install fcitx-googlepy
重启生效
Ctrl+Space切换
无平台
sudo apt install language-pack-zh-hans sudo dpkg-reconfigure locales #这一步要选择en_US.UTF-8和zh_CN.UTF-8, 并且zh_CN.UTF-8为默认语言 sudo apt install fontconfig
sudo vim /etc/fonts/local.conf
添加如下内容: <?xml version="1.0"?> <!DOCTYPE fontconfig SYSTEM "fonts.dtd"> <fontconfig> <dir>/mnt/c/Windows/Fonts</dir> </fontconfig>
退出后运行命令: fc-cache -f -v
Powershell中运行:wsl --shutdown
重启 wsl
sudo apt install fcitx dbus-x11 im-config fcitx-sunpinyin
sudo vim /etc/locale.gen
# 找到 # zh_CN.UTF-8 这一行,取消注释 zh_CN.UTF-8
sudo vim ~/.profile
添加如下内容: export GTK_IM_MODULE=fcitx export QT_IM_MODULE=fcitx export XMODIFIERS=@im=fcitx export DefaultIMModule=fcitx fcitx-autostart &>/dev/null
退出后运行命令: source ~/.profile
QT中文输入
cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/qt5/plugins/platforminputcontexts/libfcitxplatforminputcontextplugin.so /opt/Qt5.14.2/Tools/QtCreator/lib/Qt/plugins/platforminputcontexts/libfcitxplatforminputcontextplugin.so
chmod +x libfcitxplatforminputcontextplugin.so
重启 qtcreator
11. 初始软件配置
sudo apt-get install build-essential gcc g++ gfortran make cmake git automake
sudo apt-get gcc-7 g++-7 gfortran-7
多版本的gcc
多版本gcc, g++的安装与转换
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-9 40 sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-7 50 sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-9 40 sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-7 50 sudo update-alternatives --install /usr/bin/gfortran gfortran /usr/bin/gfortran-9 40 sudo update-alternatives --install /usr/bin/gfortran gfortran /usr/bin/gfortran-7 50
切换
sudo update-alternatives --config gcc
图形界面
PowerShell中运行
hostname
获取计算机名
Notepad "C:\Windows\System32\Drivers\etc\hosts"
将 “127.0.0.1 <hostname>”添加进去
windows10中安装程序 XcVsrv
XLaunch启动时,Extra Setting设置时,除了 Native opengl不选以外,其它全部勾选
sudo apt-get install x11-apps libglu1-mesa
Ubuntu20中运行
echo "export DISPLAY=$(cat /etc/resolv.conf | grep nameserver | awk '{print $2; exit;}'):0" >> ~/.bashrc
软件
JAVA环境
https://www.oracle.com/java/technologies/javase/javase-jdk8-downloads.html
解压
~/.bashrc
export JDK_HOME=/home/wzb198910/Software/jdk1.8.0_271 export JRE_HOME=/home/wzb198910/Software/jdk1.8.0_271/jre export PATH=$JDK_HOME/bin:$JRE_HOME/bin:$PATH export CLASSPATH=$JDK_HOME/lib:$JRE_HOME/jre/lib:$CLASSPATH export INCLUDE_PATH=$JDK_HOME/include:$INCLUDE_PATH
查看
java -version
Intel parallel XE 2020(除了python环境)
1. 解压文件:tar zxvf *.tgz
2. 运行:./install.sh
以管理员身份安装,会安装到/opt/intel下面
3. 依赖软件
sudo apt-get install libgtk-3-0 libxss1 libnss3 libgtk2.0 libpango-1.0-0 libasound2 Xorg
sudo apt-get install libxss1 libnss3 libgtk2.0 libasound2
4. 自定义安装
Python 不选
I32不选
5. 配置: vim ~/.bashrc
source <Intel安装目录>/parallel_studio_xe_2020.1.102/bin/psxeevars.sh
anaconda
直接安装
配置: vim ~/.bashrc
export PATH=/home/wzb198910/Softwares/anaconda3/bin:$PATH
命令指引(确认python 与 python3指定)
sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /home/wzb198910/Software/anaconda3/python 40 sudo update-alternatives --install /usr/bin/python3 python /home/wzb198910/Software/anaconda3/python3 40
切换
sudo update-alternatives --config python
更换国内Conda源
conda config --show-sources
创建.condarc文件
添加清华源
https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
conda clean -i
清除索引缓存,保证用的是镜像站提供的索引。
更换国内pip源
sudo gedit ~/.pip/pip.conf
不存在则创建
添加 豆瓣 源
清华源下载过程中出现问题
[global] index-url=https://pypi.doubanio.com/simple #index-url=https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple [install] trusted-host=pypi.doubanio.com #trusted-host=pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/
以超级权限安装到root或opt目录下
cuda
显卡:GTX 1650
更新显卡驱动,版本号为
atom
直接解压即可
~/.bashrc
export PATH=/home/wzb198910/Softwares/atom:$PATH
实现 sudo下运行
sudo ln -s /home/wzb198910/Softwares/atom/atom /usr/bin/atom
pycharm
创建可直接运行的链接
sudo ln -s ./pycharm.sh pycharm
直接解压后配置: vim ~/.bashrc
export PYCHARM_HOME=/home/wzb198910/Softwares/pycharm_2020.1.3 export PATH=$PYCHARM_HOME/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$PYCHARM_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
VASP 6.1.0
依赖软件
sudo apt-get install rsync
库文件
<Intel PS XE 安装目录>/compilers_and_libraries_2020.1.217/linux/mkl/interfaces/fftw3xf
sudo make libintel64
产生 libfftw3xf_intel.a
问题:找不到icc
sudo ln -s /opt/intel/compilers_and_libraries_2020.1.217/linux/bin/intel64/icc /usr/bin/icc
makefile文件准备
cp makefile.include.linux_intel ./
mv makefile.include.linux_intel makefile.include
修改:OFLAG = -O2 --> OFLAG = -O3 -xHOST
运行: make std gam ncl
不要用sudo,否则有些命令无法执行
不要并行编译,否则会出现部分include库无法找到
~/.bashrc
测试
http://sobereva.com/attach/455/benchmark.Hg.tar.gz
vaspkit
Website
https://sourceforge.net/projects/vaspkit/files/
安装
子主题
deepmd-kit(暂时不考虑1.2.0版本)
方法1
tensorflow-python(采用2.2.0版本)
pip install --upgrade pip
pip install --upgrade tensorflow-cpu==2.2.0
测试
python -c "import tensorflow as tf;print(tf.reduce_sum(tf.random.normal([1000, 1000])))"
deepmd-python(采用1.1.5版本)
pip install deepmd-kit
设置全局变量
export KMP_BLOCKTIME=0 export KMP_AFFINITY=granularity=fine,verbose,compact,1,0
针对numpy的效率进行改进
注意
tensorflow-python必须是2.2.0版本的
采用以下版本则dp -h会报错
tensorflow-C++ (采用2.2.0版本)
注意 gcc, g++等版本问题 6和9都不合适
bazel (2.0.0版本)
依赖软件
sudo apt-get install git cmake zip unzip
下载
离线下载 bazel-2.0.0-dist.zip
解压后进入目录,运行 ./compile.sh
配置文件
指定到安装目录/output
下载
git clone https://github.com/tensorflow/tensorflow tensorflow -b v2.2.0 --depth=1
cd tensorflow/tensorflow/work.bzl
protobuf (3.8.0)
wget https://github.com/protocolbuffers/protobuf/archive/310ba5ee72661c081129eb878c1bbcec936b20f0.tar.gz
./autogen.sh ./configure --prefix=/usr/local make -j4 sudo make install
sudo apt-get install autoconf automake libtool
配置文件 bin/lib/include
验证
protoc --version
Eigen (3.3.90)
wget https://gitlab.com/libeigen/eigen/-/archive/52a2fbbb008a47c5e3fb8ac1c65c2feecb0c511c/eigen-52a2fbbb008a47c5e3fb8ac1c65c2feecb0c511c.tar.gz
mkdir build cd build cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=<路径> .. sudo make install
配置文件:export INCLUDE=
修改
WORKSPACE
workspace.bzl
urls更改
将文件中涉及的软件全部下载保存
file://///home/wzb198910/Software/tensorflow/Tensorflow_Download/<文件名>
注意保留第一个google的镜像地址
安装(CPU 版本)
./configure
默认的安装配置,注意python相关设置的路径
bazel build -c opt --local_resources 2048,0.5,1.0 --verbose_failures --distdir=/home/wzb198910/Downloads/Tensorflow-2.2.0_Download //tensorflow:libtensorflow_cc.so
--verbose_failures
输出报错信息
--local_resources=4096,4,8
限制使用 4GB内存,4核 8线程
--distdir
指向需要下载软件的本地目录
//tensorflow:install_headers
搜集头文件
创建动态链接
生成
bazel-bin
bazel-out
bazel-tensorflow
bazel-testlogs
bazel clean --expunge
失误后,刷新缓存
配置
deepmd-C++(采用1.2.0版本)
下载
sudo git clone --recursive https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit.git deepmd-kit
git checkout -b v1.2.0 v1.2.0
只有tag(后),没有branch(前)
cmake -DTENSORFLOW_ROOT=/home/wzb198910/Software/tensorflow/bazel-bin/tensorflow -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/wzb198910/Software/DeepMD-kit ..
make
make install
方法2
直接使用conda
可满足melt, diffusion
elastic 由于缺乏有效的manybody无法使用
需要重新编译才可
conda install deepmd-kit=1.1.5=*gpu lammps-dp=1.1.5=*gpu -c deepmodeling
不考虑C++接口等
lammps
编译安装
提前准备
sudo apt-get install libjpeg-dev libpng-dev
jpg.h
libjpeg-dev
png.h
libpng-dev
Makefile中修改相关设置 lmp目录/src/MAKE/OPTIONS
LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_JPEG -DLAMMPS_PNG
JPG_INC = -I/usr/local/include JPG_PATH = -L/usr/local/lib JPG_LIB = -ljpeg -lpng
pppm.h
src中 安装 make yes-KSPACE
修改
<lammps目录>/src/MAKE/makefile.mpi
按照要求修改
src目录下
需要按照的库 (make yes-<库名称>)
USER-MEAMC
MEAM势函数相关
USER-MISC
AGNI势函数相关
MANYBODY
势函数相关
VORONOI
多体中每个原子的体积相关
需要voro++
http://math.lbl.gov/voro++/download/
修改 config.mk
PREFIX=/home/wzb198910/Software/VoroPP/0.4.6
sudo make install
安装
cd lmp目录/lib/voronoi
ln -s /home/wzb198910/Software/VoroPP/0.4.6/include/voro++ includelink ln -s /home/wzb198910/Software/VoroPP/0.4.6/lib liblink
USER-DEEPMD
机器学习势函数
KSPACE
USER-DIFFRACTION
模拟XRD输出
KIM
OpenKIM api接口
make package-status
查看包的安装情况
make -j12 mpi 或 make -j12 intel_cpu_intelmpi
运行
mpirun -np <核数> lmp_mpi < *.in
OpenKIM
deepgen
git clone https://github.com/deepmodeling/dpgen.git
pip install pymatgen==2020.1.10
pip install .
MOOSE安装
确保Anaconda安装完毕
conda config --add channels conda-forge conda config --add channels idaholab
conda activate moose
激活moose运行环境
conda create --name moose moose-libmesh moose-tools
创建MOOSE运行环境
git clone https://github.com/idaholab/moose.git
下载 moose 的程序包(建议直接下载压缩包)
cd ~/projects/moose/test make -j 2 ./run_tests -j 2
编译并测试(基础环境)
# MOOSE_peacock export MOOSE_DIR=/home/wzb198910/Software/Projects_pf/moose export PATH=$MOOSE_DIR/python/peacock:$PATH
指定MOOSE_DIR地址,并确保 peacock可运行
cd ~/projects ./moose/scripts/stork.sh YourAppName
创建自己的应用所需要的编译文件
修改 Makefile
选择 模拟过程中可能涉及到的模块
将 no 改成 yes 即可
make -j 2 ./run_tests -j 2
编译并测试自己的应用
Abinit安装
准备
sudo apt-get install libopenmpi-dev mpi-default-dev libblas-dev liblapack-dev libscalapack-...-dev libatlas-base-dev libhdf5-dev libnetcdf-dev libnetcdff-dev libpnetcdf-dev libxc-dev
sudo apt-get install libxml2-dev libfftw3-dev
辅助文件
hdf5
./configure --prefix=/home/wzb198910/Software/hdf5 CC=/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.1.217/linux/mpi/intel64/bin/mpicc --enable-parallel --enable-shared make -j4 make check install
netcdf4
./configure --prefix=/home/wzb198910/Software/netcdf4 CC=/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.1.217/linux/mpi/intel64/bin/mpicc LDFLAGS=-L/home/wzb198910/Software/hdf5/lib CPPFLAGS=-I/home/wzb198910/Software/hdf5/include --disable-dap make -j4 make check make install
netcdf-gfortran
CPPFLAGS="-I/home/wzb198910/Software/netcdf4/include -I/home/wzb198910/Software/hdf5/include" LD_LIBRARY_PATH=/home/wzb198910/Software/netcdf4/lib:${LD_LIBRARY_PATH} LDFLAGS="-L/home/wzb198910/Software/netcdf4/lib -L/home/wzb198910/Software/hdf5/include" ../configure --prefix=/home/wzb198910/Software/netcdf-fortran CC=/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.1.217/linux/mpi/intel64/bin/mpiicc FC=/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.1.217/linux/mpi/intel64/bin/mpiifort F77=/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.1.217/linux/mpi/intel64/bin/mpiifort make -j4 make check make install
xml90
../configure --prefix=/home/wzb198910/Software/xmlf90/1.5.3.1 CC=/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.1.217/linux/mpi/intel64/bin/mpiicc FC=/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.1.217/linux/mpi/intel64/bin/mpiifort
libpsml
../configure --prefix=/home/wzb198910/Software/libpsml/1.1.7 --with-xmlf90=/home/wzb198910/Software/xmlf90/1.5.3.1 CC=/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.1.217/linux/mpi/intel64/bin/mpiicc FC=/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.1.217/linux/mpi/intel64/bin/mpiifort
libxc
autoreconf -i
生成 configure 文件
子主题
安装
配置文件
mkdir build && cd build
touch ubuntu.ac9
../configure --prefix=/home/wzb198910/Software/abinit/9.2.2 --with-config-file="ubuntu.ac9"
WSL
PowerShell(管理员)
问题:WslRegisterDistribution failed with error: 0x8007019e
Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux
重启后再此打开 wsl
子主题
问题:WslRegisterDistribution failed with error: 0x8007019e
GPU加速
wsl2 且内核>4.19.121
uname -r
查看内核
conda warning
conda update --strict-channel-priority --all
更新警告包
删除wsl
列出:wslconfig /l
删除:wslconfig /u <目标系统>
更新报错
问题
ubuntu apt-get 错误 Temporary failure resolving us.archive.ubuntu.com
解决方案
加入dns服务器地址,比如: sudo vim /etc/resolv.conf 添加: nameserver 8.8.8.8 执行: sudo apt-get update
主题
MOOSE安装
确保Anaconda安装完毕
conda config --add channels conda-forge conda config --add channels idaholab
conda activate moose
激活moose运行环境
conda create --name moose moose-libmesh moose-tools
创建MOOSE运行环境
git clone https://github.com/idaholab/moose.git
下载 moose 的程序包(建议直接下载压缩包)
cd ~/projects/moose/test make -j 2 ./run_tests -j 2
编译并测试(基础环境)
# MOOSE_peacock export MOOSE_DIR=/home/wzb198910/Software/Projects_pf/moose export PATH=$MOOSE_DIR/python/peacock:$PATH
指定MOOSE_DIR地址,并确保 peacock可运行
cd ~/projects ./moose/scripts/stork.sh YourAppName
创建自己的应用所需要的编译文件
修改 Makefile
选择 模拟过程中可能涉及到的模块
将 no 改成 yes 即可
make -j 2 ./run_tests -j 2
编译并测试自己的应用