天王殿
开元寺的山门与天王殿合二为一，现存建筑建于民国十四年（1925年）。殿内石柱为梭柱，石柱上有对联“此地古称佛国，满街都是圣人”，是朱熹所撰，由弘一法师所书。
石柱上悬挂有一木制对联“此地古称佛国，满街都是圣人”。该对联是南宋大理学家朱熹所撰，近代高僧弘一法师所写。分坐在天王殿两旁的是按佛教密宗规制所配置的密迹金刚与梵王。它们怒目挺胸，状极威严，与一般寺庙所雕塑的四大金刚有较大差别，有人谑称它们为“哼哈二将”。
藏经阁
藏经阁原来是法堂，是元代至元二十二年（1285年），僧录刘鉴义建造的。元、明时期已经过多次重修，至民国十四年（1925年）圆瑛和尚改建为水泥仿木结构的二层楼阁。楼下为寺僧念经礼佛处，上层收藏各种版本经书3700多卷。
五代时的开闽王王审知身居王位，独霸闽疆，纯属机缘偶然，因此他当了闽王后，就与佛结缘，起大信心，立大誓愿，皈心受持，以求心理平衡。他先后舍钱百万缗造大殿等建筑，并搜集一万两黄金白银，研细为泥，请开元寺义英法师写了两部金银《大藏经》，现二楼还保存有残页。另外还有元朝如照法师刺血写成的《法华经》以及泰米尔文的贝叶经。它们是中国珍贵的佛学典籍。除此之外，藏经阁还保存有从盛唐至民国的历代文物。其中各代玉、铜、瓷、木质的大小佛像、菩萨、罗汉、天王、神将等32尊。明代大书法家张瑞图及现代高僧弘一法师等名家的字迹和木板楹联也珍藏在这里。一楼大厅里还收藏有12口南宋以来的方钟，其中特别有价值的是清道光十七年（1837年），“鹿港郊公置”的铁钟，钟上铸有与泉州通商的鹿港郊46家商号的铭文，是研究台湾与泉州经济史的资料。
大雄宝殿
大雄宝殿又称紫云大殿，是开元寺主体建筑，大雄宝殿始建于唐朝垂拱二年（686年），先后经过唐、南宋、元、明几次受灾与重建，现存建筑物是明代崇祯十年（1637年）遗物。大殿面阔九间，进深六间，建筑面积1338平方米，重檐歇山顶，通高20米。前檐重檐下横匾书“桑莲法界”四字。殿内减柱造，共有86根大石柱，承托抬梁式木构架，号称“百柱殿”。殿内斗拱共76朵，分布在周圈和前槽，其中明、次、梢间各有补间铺作两朵，尽间仅一朵。斗栱上雕有有“飞天乐伎”二十四尊，集佛教妙音鸟、基督教天使和中国飞天造型于一身，雕刻精美。
大殿正中供奉的是御赐佛像毗卢遮那佛，汉译大日如来，是佛教密宗的最高神抵。其两旁是五代王审邽修大殿时增塑的四尊大佛，依次为东方香积世界阿閦佛，南方欢喜世界是宝生佛，西方极乐世界阿弥陀佛，北方莲花世界成就佛，合称五方佛，也叫五智如来。这五尊大佛金光闪烁，衣纹清晰，神容慈祥，法相庄严，双手分别作说法、施与、接引、禅定等相，工艺精巧，令人叹绝。五方佛的胁侍有文殊、普贤、阿难、迦叶以及观音、势至、韦驮、关羽、梵王、帝释等诸天菩萨、护法神将共10尊。在大殿后正中供奉着密宗六观音的首座圣观音以及善才、龙女和两翼神态各异的十八罗汉。
甘露戒坛
大雄宝殿后面的甘露戒坛，建在中轴线的第二台阶上。甘露戒坛始建于宋，明末重建，重檐八角攒尖顶，四周环廊，占地645平方米。坛有五级，最高一层供奉明代卢舍那佛坐像木雕。开元寺甘露戒坛与北京戒台寺、杭州昭庆寺并称中国三大戒檀。
据说唐朝时候，此地常降甘露，一个叫行昭的和尚于是在这里挖了一口甘露井。北宋天禧三年（1019年）在井上建坛，遂称甘露戒坛。南宋建炎二年（1108年）敦炤和尚认为戒坛不符合规范，又按《南山图经》改建为五级，其间高低宽窄都有严格的限制。后经元、明多次重修，现存建筑是清康熙五年（1666年）重建的四重檐八角攒尖式结构。坛顶正中藻井采用如意斗拱，藻井下分五级，交叠上收，如蜘蛛结网，似回纹织锦，结构复杂而精巧。坛之四周立柱斗拱和铺作间24尊“飞天乐伎”，身系五彩飘带，手持琵琶、二弦、洞萧、响板，轻歌曼舞，翩翩若飞。
坛台的最上层供奉明代的卢舍那佛木雕坐像，其所坐莲花台座有一千叶莲花瓣，每片莲叶上各刻一尊6厘米大小的佛像。卢舍那四周各层侍立着金刚钩、金刚索、金刚铃、金刚锁四菩萨，还有释迦牟尼、阿弥陀佛、寒山、拾得、千手观音的及韦驮天将等24尊菩萨神像。其中尤以八大金刚塑像为最佳。它们怒目结发，赤足袒胸，显得无比威严。环绕坛座的束腰处还有护三皈、护五戒的各种神王牌64个。
东西二塔
开元寺东西两侧各有一塔，与大雄宝殿成“品”字形布局，两塔均为仿木构八角五层楼阁式石塔。
东塔
东为“镇国塔”，始建于唐咸通六年（865年），由倡建者文偁禅师建成五层木塔，前后经过几次毁坏与重修，易木为砖，南宋宝庆三年（1227年）改七级砖塔，今石塔为南宋嘉熙二年（1238年）至淳佑十年（1250年）间重建，高48.24米。
东塔塔平面分回廊、外壁、塔内回廊和塔心八角柱四部分。塔为框架式的结构。正中的塔心柱直贯于各层，是全塔的支撑。各层塔心柱上的八个转角处均架有石梁，搭连于2米厚的塔壁和倚柱，顶柱的护斗出华拱层层托出，缩小石梁跨度。石梁与梁托如同斧凿，榫眼接合，使塔心与塔壁的应力连结相依形成一体，大大加强了塔身的牢固性。塔壁使用加工雕琢的花岗岩，以纵横交错的方法叠砌，计算精确，筑工缜密。东塔于1997年入选中国四大名塔邮票，可称得上：石塔之王。
西塔
西为“仁寿塔”，始建于五代梁贞明二年（916年），初为七级木塔，称“无量寿塔”。北政和四年（1114年）奏请赐名“仁寿塔”，前后经毁坏与重修多次，易木为砖，至宋绍定元年至嘉熙元年（1228--1237年）由自证法师易砖为石，先于东塔十年建成。今石塔为南宋绍定元年（1228年）至嘉熙元年（1237年）重建，高44.06米，略低于东塔，其规模与东塔几乎完全相同。
开元寺双塔是中国最高的一对石塔，经明万历年间泉州八级地震以及多次台风的考验，仍屹立不倒。双塔塔身浮雕精美。
其他建筑
在开元寺中轴线的两边，还有一些建筑群：东有由迦蓝祠改建的檀樾祠，纪念施主黄守恭。黄氏五安（南安、惠安、同安、安溪、诏安）后裔及海外紫云家族无不以此为荣。有俗称“小开元寺”的准提禅林，原供奉天台宗的准提菩萨；西有尊胜院，现已开辟一部分为弘一法师纪念馆，有水陆禅寺，以供寺僧栖息。
