分子模拟对接(1)

这是一篇关于分子模拟对接(1)的思维导图，介绍了搭建环境、PDBQT文件 (多QT是带电荷和原子类型)、Pymol。

分子模拟对接

• 搭建环境
  • autodock放置于C盘
    • • 设置环境变量 方便以后直接cmd使用autodock autodock会在环境中直接被调用
        • Cmd命令行调试，出现工具则表示环境设置成功
  • 路径需要全英，不然pymol不识别
• PDBQT文件 （多QT是带电荷和原子类型）
  • Autodock的准备
    • 子主题 1
      • 设置受体配体文件夹位置
  • 小分子配体
    • 下载配体文件
      • 可以自己画或者NCBI的Pubchem数据库下载 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
        • 下载3d的SDF格式文件就可以了
          • 在Open Babel下SDF转换PDB
    • 优化为最稳态
      • 导入自动预处理，
        • • • 保存为pdbqt
  • 蛋白质受体
    • 下载蛋白质受体文件 下载后检查下序列
      • Uniprot(精少）
      • NCBI的 protein区
      • 知道氨基酸序列，不知道结构下
        • swiss-model官网预测结构
          • 找标准模板，再进行预测 同一个标准模板可以预测多种相似序列
            • • • 这一步很关键，挑选一个模板然后预测 预测出来的是我们想要的，但没有PDB ID，写文章的时候要用模板的PDB ID 选不同的模板build预测出的最终蛋白质结构会稍有不同，所以要选同源性最高的
                  • • • • 对接完需要定位分析氨基酸点这里看详情
                          • 灰色则是不同
                        • 拿着对接分析结果的几个对接氨基酸去找检查序列定位是没错的
        • 还不行的话，在Uniport中搜索预测
          • 名字筛查
          • 序列数目筛查：将你的序列放到text中底下就能看到多少列了（小技巧）
          • • 分析没问题，可以直接下载
      • 知道蛋白质受体PDB id
        • https://www.rcsb.org/
        • 但结构中缺失氨基酸片段不能用，则要在rcsb网站通过PDB ID找到氨基酸，后点击详细下滑找到对应的uniprot id 然后再找到对应的序列 再去Swissmodel 中重建
    • 若有AB链则选一个链就可以了； 若有多余的小分子，辅酶稳定口袋则不要去掉
    • 确定口袋
      • 看文献确定好口袋区域
      • https://proteins.plus/ 官网输入受体配体然后查pocket
    • 下载蛋白质文件后要记录下编号，用pymol打开qdb文件， 1、有些金属原子不能去掉？ 2、检查有无CU或CL、NAD其他圆形配体或者红色零（水）或其他颜色的stick已占据一些口袋，要把它先剔除！
      • 默认save
        • 保存
          • file中导入受体
            • 先Delete water -后根据图 加氢-yes-ok
              • 确定受体对象 Grid-choose-select-ok-save则保存pdbqt文件
                • • 确定配体对象
                    • • 选择计算的键
                        • 默认的
                          • 文本打开看
                            • 无N、NA、SA、则去掉
                              • 删除
                                • 设置分析区域，看文献，也可以在https://www.rcsb.org/看同类蛋白质的配体具体哪结合
                                  • 设置好关闭并保存
                                    • • • 跑gpf在cmd中跑会流畅
                                          • 跑
                                            • 跑完结束
                                              • 多了好多图
                                                • 准备跑docking对接，确认受体
                                                  • • 确认docking对接配体
                                                      • 第二行出错少了个C键，先不管跑accept
                                                        • • accept
                                                            • docking parameters（对接参数）然后accept
                                                              • • • • 少了的键要补 docking.dpf 与grip文件对比
                                                                      • CMD跑对接
                                                                        • dlg为结果文件
                                                                          • 文本打开看
                                                                            • 清除所有配体受体后，分析dlg结果文件
                                                                              • 受体
                                                                                • 看结合结果
                                                                                • 摊开看
                                                                                  • • • • 左键选择该聚类分析，其他聚类不显示
                                                                                          • binding_energy 结合能，不是自由能（写错）
                                                                                            • • 得出复合体，下一步到pymol
                                                                                            • 进度不用等
                                                                      • 有时候cmd它不显示完成，你需要看dock.dlg是不是已经不是0kb了，若几百kb，那么其实已经完成了
                                                                    • 对比
                                                                      • lig行粘贴红色边框里就行
                                                                      • map整段一起粘贴
                                        • 可以在文件目录下输入cmd使用
                                          • 直接跑，因为环境中已经存在autodock4了
                                • 最快捷: https://proteins.plus/ 官网输入受体配体然后查pocket
                                  • space定位
                                  • 第一步有多余的ligand没删除的话，就会导致出现多个口袋分析
              • 后期可以这里导入受体对象
                • 保留
      • 氨基酸片段缺失
        • swwamodul 里模拟整段
  • 模型验证
    • http://servicesn.mbi.ucla.edu
• autodock
  • 设置autodock
    • 蛋白质受体与配体文件目录
• pymol
  • 前期准备
    • 官网edu版licent许可证下载，学生，每年一次，免费
    • python3.7
  • pymol功能介绍
    • 主要功能
      • 移动lable 按住Ctrl+鼠标左键
      • sele为选中的部分selection，属于动态的变量
      • 右键放大缩小
      • 按住Alt 移动视角
    • 棱角化图形
    • 背景
    • 右下角S是序列，点序列，UNL是配体
  • 复合体分析
    • • 出货三个无水印图,分辨率有要求 等五分钟
        • 大图
          • 颜色按链上色
            • 配体周围的四个氨基酸范围内模型，之后选中的是附近氨基酸不包含配体，先复制！！！
              • Alt+左击 确定配体与周围原子成为一整体后，cope出来建立新object体系，只显示独立object
                • ctrl上配体与around原子一起show其sticks出来，本来它不显示的，对around原子改变颜色
                  • 整体颜色标配选择粉紫
                • 然后仅单独选中配体改为蓝色，并计算与其他原子的距离，80%有键，多次检查下是否选中配体
                  • 距离虚线效果
                    • • 搞标签氨基酸，可以在序列中选择不出现的氨基酸剔除
                        • • object不展示氢键，建议不要全部一起删，排除法删氢和主联
                            • 不展示C主链
                              • 选中特定氨基酸，展示特定点主链
                                • 拉好氢键间的距离线，先不要摆好label
                                • 调距离线
                                  • • 移动标签方法不行的话，是优先性的问题：添加标签后,标签可能会被结构遮挡,此时就需要移动标签。在鼠标模式窗口,点击 “Mouse”点一下“3-Button motion 就可以选择氨基酸标签了 3-button viewing 适用于选角度 点一下即可 viewing选氨基酸
                                    • lable字号24，工具栏-setting-label-size 删除label 右键edit label 回车掉 然后done 摆好label：移动lable 按住Ctrl后+鼠标左键移动 鼠标轮滑调亮
                                      • 全局；com复合体再次改为carton且green color（与新系统区分开）
                                        • carton改透明度（仅复合体是carton，新系统是sticks，你懂的）
                                          • • 锯齿化锐化一下就可以出图了 配体与蛋白相关残基之间氢键作用的图
                                              • 显示氢键
                                              • ligplot软件 二维下分析其他氨基酸疏水相互作用
                                                • 安装java任意版本
                                                • 闲鱼买软件带教育许可的压缩包
                                                  • 选择蛋白质复合体
                                                    • 选择配体
                                                      • 标签可挪动，名字改0.8号，右键配体名字修改，右键改氢键距离，右键改氨基酸名字
                                                • 官网 用公用邮箱，乱填信息，秒发的，我用自己学校邮箱拿到了
        • 小图
        • ligplus图
• B站对接视频
  • https://www.bilibili.com/video/BV1Yr4y1T7Ko?p=1&share_medium=iphone&share_plat=ios&share_session_id=037B7A4A-B9B8-462C-9E5A-8CE63805A0CE&share_source=WEIXIN&share_tag=s_i&timestamp=1655902520&unique_k=gpp8ZMb