第2策 化型为模

化型为模，下次总结了学习套路模型的解释，细胞和动物模型，文章数据来源判断，按制作原理的模型分类，怎么学习模型常识，好的学习习惯。

第 2 策 化型为模

• 1. 学习套路
  • （1） 疾、型的逻辑关系是一对多连线，一个疾病可对应多个表型，一个表型也可在不同疾病中来回穿梭，构成一张交互网络，至于网络中的节点怎么连线，这属于需要积累科研常识
    • 比较高效的方式是从 Review 和国自然基金已经获得的资助项 目中去挖掘信息，可获得大量连线关系
  • （2） 当我们有了整体概念之后，下一步在自己感兴趣的 表型上再查阅资料熟悉研究套路
    • 我们用疾、型关键词去检索，可获得一堆参考文献，去读几篇不难发现它 们都存在极度相似的实验设计，这便是学习套路的路径
  • （3） 首先是总揽全局，同一疾病有哪些相关表型宏观掌握，然后是精雕细琢，围绕一个确定的领域，学习具体的研究套路
• 2. 模型的解释
  • （1） 疾病和表型两个参数共同决定了模型的选择，疾病决定模型的种类，表型决定模型的 特征
  • （2） 表型是疾病的标签，该标签可分裂，一级标签下面还有二级标签，所以把模型理解为标签进一步分裂显然不合适，我觉得把模型理解为表型标签的注释较好
    • 这种注释的概念即是将原本比较抽象的表型具体化，变成细胞、动物模型和组织标本选择的问题
    • 比如基础科研做糖尿病的，就是往老鼠腹腔打一种药物，老鼠就会成为糖尿病模型鼠，三多一少，吃得多，喝得多，尿得多，然后体重减轻，症状很典型
• 3. 细胞和动物模型
  • （1） 做基础科研，一旦疾、型参数确定，第一环节应该是解决接下来用什么细胞模型开展实验
    • 先大范围的开展细胞研究，等到某些结果比较确定了，再进行动物水平的验证，这样可以节约研究成本
    • 细胞+动物可谓医学科研里模型的标准配置
  • （2） 细胞模型
    • in vitro:商业购买的经过转化、筛选、永生化等人工处理的细胞株，包括转基因操作 过的细胞株
    • 这里我就要敲黑板了，能用细胞系的千万别碰原代细胞。对初学者来说，模型用现成的，这是一个铁的纪律。
  • （3） 组织标本模型
    • ex vivo:基于人体或者动物模型分离的原代细胞。
      • 分离出来原代细胞再研究归为 ex vivo
      • 特指直接活体取材，比如取皮肤、脑组织、肠、心脏、血液等，有时候是一部分动物实验完成后取器官、组织等进行分析叫 ex vivo，体外培养细胞体内回输的实验
    • in situ：在原位的意思，人体组织直接检测
  • （4） 动物模型
    • in vivo：在动物活体中做的实验
  • （5） 生信分析模型
    • in silico
• 4. 文章数据来源判断
  • （1） 我们用模型的分类去辨别文章数据来源，会是一种非常有效、简单的方法，这种方法我们在阅读文献的时候把会广泛用到
  • （2） 看文献的时候，细胞，动物，组织，生信四个数据来源差异明显，一目了然。等你掌握了规律，一看到来源就知道大概要论证什么问题，数据图表可以跳着看，并不影响你理解整篇文章。
  • （3） 细胞实验数据
    • 细胞功能数据：做细胞表型研究的
    • 分子机制数据：做分子调控关系研究的
  • （4） 组织标本数据
  • （5） 动物实验数据
  • （6） 生信分析数据
  • 这样我们就有五个维度的数据了，细胞功能数据，动物实验数据，组织标本数据，分子机制数据（此类数据是文章逻辑的难点），加上生信分析数据。所有医学研究的 SCI Paper 就没有逃脱这个常理规律的。
• 5. 按制作原理的模型分类
  • （1） 自发模型
    • 模型本身就代表疾病状态， 有典型的疾病表型
  • （2） 诱发模型
    • 需要加药或者缺氧、高糖等外界条件干预下造成疾 病的表现
  • （3） 细胞模型
    • 对于细胞模型你就掌握有细胞系和原代细胞两种来源，然后搞清楚需 要不需要加入某些干预因素建模的问题，就 OK 了
  • （4） 动物模型
    • 诱发动物模型也叫实验性动物模型
      • 肿瘤的移植瘤模型
        • 有些动物模型会用到人的细胞或者组织，比如肿瘤的移植瘤模型，当然人的细胞 接种鼠会引起免疫的，这种老鼠是特殊的品系，属于先天性胸腺缺陷的突变小鼠，叫裸鼠
      • PDX 模型
        • 在肿瘤研究中还有一种 PDX 模型，直接接种来源于患者原代肿瘤组织形成移植瘤模型，这种模型就会带有患者组织的一些特性，不同的患者组织具有异质性，适用于个性化治疗策略的研究
    • 自发动物模型：动物模型本身就代表疾病状态，有典型的疾病表型
    • 转基因动物模型：与后天诱导的动物模型相比，从基因上就被改变的 转基因动物模型，可为研究中提供更有说服力的证据
    • 最常见的动物模型是老鼠，分为大鼠和小鼠
  • （5） 子主题
• 6. 怎么学习模型常识
  • （1） 疾病和模型的关联：看review和国自然
  • （2） 选定表型后怎么获取模型的套路：精读十来篇高分文献
    • 关注表型评价标准
      • 模型
      • 诱导条件
      • 检测指标
      • 实验方法
        • 硕博论文里面详细介绍，适合零基础的
      • 从零基础什么都不懂开始，读 Review，查国自然掌握疾，型连线知识，检索典型论著进行精读熟悉实验设计套路，到硕博论文帮助理解实验细节，这一两个月的时间一晃就过去了。
• 7. 好的学习习惯
  • （1） 当你研究这些实验方法的时候，你应该在电脑里新建一个文件夹，把看到的常规的实验方法的描述统统摘录下来，按照实验名称把文件放在那里
  • （2） 真正有经验的研究者，在做实验的间歇就开始总结 Methods 部分的材料，前面一个实验做完了就开始整理数据，写 results 和 fig legend
  • （3） 如果你有平常看文献积累 Method 写法，摘录好的句子的习惯，最后写 paper 的时候工作量就不会那么大了，效率很高
• 8. 总结
  • （1） 模型也可以看作是表型的一个评价体系，模型+检测方法+分子标记，一共是三个恒量要素，就可以把表型这样一个抽象概念转化成一个个数据，也就是一张张图表，最后形成文章。
  • （2） 任何疾病和表型的组合都可以转换成一组模型，检测方法，和分子标志物，也就是模、法、标的固定参数，这是全世界科学家们公认的一套方法学标准
  • （3） 要研究什么疾病表型，就从文献里去总结做法，然后依葫芦画瓢照着做就好了