多为单细胞运动个体,有2条略不等长的鞭毛,顶生或侧生。少数形成不定形群体。
不对称:细胞基本不对称,有背(隆)腹(平)之分,前端钝圆或斜截形
咽喉:身体的腹面有一条纵沟,是隐藻纲的特殊器官——咽喉出口,深入到细胞内部
细胞壁:大部分种类细胞不具纤维素细胞壁,细胞外有一层周质体,柔软或坚固,并由两层组成
繁殖:游动的种类主要为纵分裂,群体或不具鞭毛种类产生游动孢子
色素:除Chla、c,β-胡萝卜素外,还具藻胆素;色素体1-2个,叶状;贮藏物质为淀粉和油滴
内质网膜:叶绿体有两层内质网膜,可能来源于红藻的内共生进化
能光合作用的隐藻仅含一种藻胆蛋白,而蓝藻和红藻中一般兼具藻红蛋白与藻蓝蛋白