文献汇报Seminar

①环境RNA病毒多样化，有重要的生态和生物地球化学影响。由于采样的影响，人们主要关注对人或重要动植物有危害的病原体。

中国陆生环境的RNARNA病毒扩大了环境病毒的丰富度

• WHY
  • ①环境RNA病毒多样化，有重要的生态和生物地球化学影响。由于采样的影响，人们主要关注对人或重要动植物有危害的病原体。
  • 主要关注海洋系统，陆生系统主要关注DNA病毒，噬菌体参与碳循环
    • 红树林病毒影响碳循环
    • 北极永久冻土层参与碳代谢和有机物降解
  • RNA病毒
    • 水生环境丰富度很高，陆生环境也证明与土壤碳循环有关。
• HOW
  • 采样：中国16个省采集32个生态环境的样本(土壤，沉积物和粪便样本)，并收集了物理化学数据们包括酸碱度、土壤养分水平和有机含量
  • 建立442个宏转录组文库
  • 系统发育分析
    • 纳入标准：超过1000 nt 的contig
• WHAT
  • 鉴定了6624个vOTU
  • 新鉴定的病毒至少来自62个科，包括正义、负义和双链RNA病毒
  • 病毒组成的影响因素：有机物，和真核生物的物种丰度。
  • 环境因素对植物，真菌和细菌的种类丰富度和丰度
  • ①RNA病毒的系统发育多样性
  • ②不同环境和不同地点的病毒组成
  • ③基于RdRp的系统发育进化树
    • ①病毒种类：6624 vOTU(novel)+409确认身份的病毒
    • ②确认宿主关系：细菌、植物和真菌在新的vOTU中占比为40%、8%和19%，余下7%同源性太低，无法确认宿主。
    • ③采用的所有环境类型和地点都有新的vOTU的发现
      • 底泥样本除了Nidovirales,每个分支都有新病毒
        • 感染动物的：水底泥有蚊子很正常
        • 新的vOTU和硅藻有关，硅常存于淡水环境中
      • 动物粪便
        • 包括RNA病毒的主要分支
        • 新病毒比较多，7个科1个属
        • 与动物肠道病毒相关，和饮食有关
      • 发现了 许多类病毒
        • 共享蛋白结构域，说明广泛的水平基因转移。
  • ④基因组结构
• 结论
  • RNA病毒是陆生和水生生态系统的一部分
• 为了确定环境病毒的多样性和丰度如何受到采样所在地的当地环境的影响