Day5 GEO,TCGA 数据集入门

Day5 GEO,TCGA 数据集入门的思维导图，利用这些数据可对肿瘤发生发展中基因的改变进行分析，通过分析肿瘤中基因发生突变的情况，可找到有研究价值的致癌突变。

GEO,TCGA 数据集入门

• GEO
  • 分类
    • GEO Platform (GPL) 芯片平台，高通量实验检测所用工具
    • GEO Sample (GSM) 样本 ID 号
    • GEO Series (GSE) study 的 ID 号
    • GEO Dataset (GDS) 数据集的 ID 号
  • 方法
    • GEO 官网输入 ID
    • 选择 Series Matrix File（s）下载基因表达矩阵文件
      • 如果想下载作者标准化后的数据，可以直接在这个页面中 Supplementary file 中进行下载。
      • http 整体下载，custom 展开每一个文件下载。
      • 下载原始数据点击最下方 SRA 编号
      • 点击页面右上方的 Send to 按钮，选择 File，Format 选择 RunInfo，然后点击 Creat file下载一个 csv 文件
  • 芯片平台
• TCGA
  • 肿瘤数据
    • 方法
      • 点击 Repository(资源库)进入到数据库
      • 左侧 Cases（疾病类型）选项：Program 选择 TCGA；
      • Project 选择一种癌症类型
      • Data catagory 选择 Transcriptome profiling，
      • Data type 选择 Gene Expression Quantification，
      • Experimental Strategy 默认只有 RNA-seq，
      • Workflow Type 默认只有 STAR-Counts
      • 点击 Add All Files to Cart，将所需数据添加到购物车中，然后再点击 Cart 进入到购物车中。
      • 点击购物车，进入到下载数据界面，先下载 metadata 文件(其后缀是 json 的文件)，再下载 download 中的 manifest 和 cart 文件。(点击 Clinical 下载临床信息，点击 Metadata 下载样本信息，点击 cart 下载基因文件)
  • 突变数据
    • 方法
      • 打开 TCGA 网站，输入需要下载的肿瘤类型
      • 点击 WXS 后面的数字
      • 依此选择 simple nucleotide variation，Masked Somatic Mutation，WXS，Aliquot Ensemble Somatic Variant Merging and masking，maf，然后 Add all files to cart
      • 下载 sample sheet 和 Download 下拉框里面的 Cart
• 用途
  • 利用这些数据可对肿瘤发生发展中基因的改变进行分析
  • 通过分析肿瘤中基因发生突变的情况，可找到有研究价值的致癌突变。
  • 比对肿瘤和正常组织，寻找异常的基因重组现象，可找到有研究价值的重组。
  • 分析肿瘤中差异基因的表达，可找到有研究价值的基因。
  • 分析基因变异情况与预后的关系，可找到有研究或临床价值的基因。
  • 通过比较基因的表达关系，如 LncRNA、 miRNA、 mRNA，可分析肿瘤中基因的调控网络。