Day6 生信表型“热”在哪里？

Day6 生信表型“热”在哪里？其表型，在疾病发生过程中，一些正常的生理过程也会发生改变，所以是疾病背后的生理、病理过程，都叫表型。

生信表型“热”在哪里？

• 常见表型特点
• 表型获取方法
  • 常见表型
    • 坏死性凋亡
    • 自噬
    • 细胞焦亡
    • 铁死亡
    • 铁代谢
    • m6A
    • m5C
    • m1A
    • 缺氧
    • 内质网应激
    • 氧化应激
    • 糖酵解
    • 脂肪酸代谢
    • 组蛋白基因
    • 细胞凋亡
    • 衰老
    • EMT
    • 外泌体基因
    • 代谢重编程
    • 昼夜节律
  • 方法
    • GeneCards
      • 在检索框中输入表型名称，点击放大镜小图标进行检索
      • 观察特定表型信息
      • 导出特定表型基因列表
      • 注意事项
        • 需要先注册个账号
        • 可以通过设置 score 值的 cutoff，来筛选高分值的基因列表
        • 特定的表型名称的英文名不要输入错误
        • 在 GenCards 里下载的基因包括多种分子类型；根据要研究的主变量分子类型，剔除其他的分子类型。
    • GSEA(gsea-msigdb.org)
      • 点击 Explore the Molecular Signatures Database (MSigDB)
      • 在跳转的页面中点击 Search
      • 在 Keywords 中输入特定的表型名称，点击 Search
    • 文献
      • 表型+GEO
      • 表型＋TCGA
      • 下载 20-30 篇该表型类的生信文献，收集其基因列表来源及 list，一般在材料方法部分。
    • GO 数据库
      • 在 Keywords 中输入特定的表型名称
      • 对应相关的通路名称
      • 找到表型相关的基因
    • 表型数据库
      • 百度或者搜狗维系，搜索【表型名 数据库】
• 表型特征
  • 单细胞表型
    • 这将有助于揭示不同细胞类型、细胞状态和细胞亚型之间的表型差异，进一步理解细胞发育、疾病进程等方面的机制
  • 免疫表型
    • 研究免疫细胞的表型特征，以揭示免疫系统与健康、疾病之间的关联。
  • 肿瘤表型
    • 可以揭示肿瘤细胞的基因表达剖析、突变谱、免疫逃逸等特征，为肿瘤的诊断、治疗和研究提供基础。
• 与表型相关的研究方向
  • 表达谱分析
    • 表达谱分析可以揭示基因在发育、疾病进程等方面的功能，并与表型特征建立联系。
  • 代谢组学
    • 代谢组学可以用于寻找与代谢性疾病、药物反应等表型特征相关的代谢途径和标志物
  • 蛋白质组学
    • 蛋白质组学可以帮助发现与疾病、生长发育、免疫应答等表型特征相关的蛋白质标记物和通路
  • 机器学习和数据挖掘
    • 法可以帮助揭示新的基因-表型关系和预测患病风险
• 基础科研本质
  • 疾病
  • 表型
    • 在疾病发生过程中，一些正常的生理过程也会发生改变，所以是疾病背后的生理、病理过程，都叫表型。
  • 模型
  • 检测方法
  • 分子标志物