导图社区 Day9 生信常见图片讲解(3)
Day9 生信常见图片讲解(3)的思维导图,介绍了分子相关性分析、分子交互网络、交互网络的知识,快来看看吧!
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思维导图
交互分析
分子相关性分析
相关性散点图
细解
纵坐标:A基因的表达程度
横坐标:B 基因的表达程度
R包
ggplot2
ggthemes
ggpubr
ggExtra
共表达热图
横坐标:TICRR 上调表达组 或 下调表达组
纵坐标
上部:该基因(TICRR)的表达程度
下部:其他基因的表达程度zscore 转换后的值对应的颜色大小
pheatmap
相关性热图
横纵坐标:DESRG、TF 和 hallmark 的信号通路
正方格:用颜色代表了基因之间相关性程度
暖色为正相关
冷色为负相关
psych
magrittr
reshape2
分子交互网络
PPI 互作网络
构建了一个包含 373 个节点和 960 条线的 PPI 网络
ggraph
igraph
cytoscape
ceRNA 网络
倒三角形:DElncRNA
长方形:DEmiRNA
椭圆形:DEmRNA
颜色:红色代表向上调节,绿色代表向下调节
加粗框线:标注上调与下调表达程度最高的 十个 RNA
工具
Cytoscape软件
R 包 readxl
TF-靶基因网络
红色圆点:ERS 疾病
绿色菱形:TF 转录因子
蓝色方块:MicroRNA
确定与 ERS 相关的转录因子和 miRNA。
交互网络
棒棒图
横坐标:24 个免疫细胞
纵坐标:相关性 correlation
相关性为负数,则说明分子和对应的细胞负相关;相关性为正数,则说明分子和对应的细胞正相关。
圆圈的大小代表相关性程度,相关性程度越高, 圆圈相对越大。
棒子的高低(距离 0 的距离)越大,相关性程度越高(正数代表正相关,负数代表负相关)
圆圈的深浅代表相关性统计方法得到的 p 值
R 语言
分组比较图
横坐标:基因高与低表达组
纵坐标:免疫细胞的浸润程度
散点图
横坐标:HTAR3 基因的表达程度
免疫全景图
上方横条:根据不同类型的分组,具体分组如左边图例所示
下方免疫景观图
横坐标代表样本
纵坐标代表细胞的百分比丰度
不同颜色代表不同的免疫细胞
R 包 pheatmap