Day9 生信常见图片讲解（3）

Day9 生信常见图片讲解（3）的思维导图，介绍了分子相关性分析、分子交互网络、交互网络的知识，快来看看吧！

交互分析

• 分子相关性分析
  • 相关性散点图
    • 细解
      • 纵坐标：A基因的表达程度
      • 横坐标：B 基因的表达程度
    • R包
      • ggplot2
      • ggthemes
      • ggpubr
      • ggExtra
  • 共表达热图
    • 细解
      • 横坐标：TICRR 上调表达组 或 下调表达组
      • 纵坐标
        • 上部：该基因（TICRR）的表达程度
        • 下部：其他基因的表达程度zscore 转换后的值对应的颜色大小
    • R包
      • pheatmap
  • 相关性热图
    • 细解
      • 横纵坐标：DESRG、TF 和 hallmark 的信号通路
      • 正方格：用颜色代表了基因之间相关性程度
        • 暖色为正相关
        • 冷色为负相关
    • R包
      • psych
      • magrittr
      • reshape2
• 分子交互网络
  • PPI 互作网络
    • 细解
      • 构建了一个包含 373 个节点和 960 条线的 PPI 网络
    • R包
      • ggraph
      • igraph
      • cytoscape
  • ceRNA 网络
    • 细解
      • 倒三角形：DElncRNA
      • 长方形：DEmiRNA
      • 椭圆形：DEmRNA
      • 颜色：红色代表向上调节，绿色代表向下调节
      • 加粗框线：标注上调与下调表达程度最高的 十个 RNA
    • 工具
      • Cytoscape软件
      • R 包 readxl
  • TF-靶基因网络
    • 细解
      • 红色圆点：ERS 疾病
      • 绿色菱形：TF 转录因子
      • 蓝色方块：MicroRNA
      • 确定与 ERS 相关的转录因子和 miRNA。
    • 工具
      • Cytoscape软件
      • R 包 readxl
• 交互网络
  • 棒棒图
    • 细解
      • 横坐标：24 个免疫细胞
      • 纵坐标：相关性 correlation
      • 相关性为负数，则说明分子和对应的细胞负相关；相关性为正数，则说明分子和对应的细胞正相关。
      • 圆圈的大小代表相关性程度，相关性程度越高， 圆圈相对越大。
      • 棒子的高低（距离 0 的距离）越大，相关性程度越高（正数代表正相关，负数代表负相关）
      • 圆圈的深浅代表相关性统计方法得到的 p 值
    • 工具
      • R 语言
  • 分组比较图
    • 细解
      • 横坐标：基因高与低表达组
      • 纵坐标：免疫细胞的浸润程度
    • 工具
      • R 语言
  • 散点图
    • 细解
      • 横坐标：HTAR3 基因的表达程度
      • 纵坐标：免疫细胞的浸润程度
    • 工具
      • R 语言
  • 免疫全景图
    • 细解
      • 上方横条：根据不同类型的分组，具体分组如左边图例所示
      • 下方免疫景观图
        • 横坐标代表样本
        • 纵坐标代表细胞的百分比丰度
        • 不同颜色代表不同的免疫细胞
    • 工具
      • R 包 pheatmap