导图社区 Day12 单基因套路举例
Day12 单基因套路举例,如数据获取、差异比较、诊断分析和生存分析、单基因差异表达、GOKEGG联合logFC富集分析、互作网络分析、甲基化分析、免疫浸润分析... ...
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思维导图
单基因套路
套路一
数据获取
TCGA数据库
GEO数据库
差异比较
R
泛癌比较箱型图
配对样本图
基因表达分组比较箱型图
临床分组对比图
qRT-PCR
基因表达分组比较柱状图
诊断分析和生存分析
诊断ROC
R包"survival"和"survminer"
K-M曲线
靠
单基因差异表达
火山图
共表达热图
挑
GOKEGG联合logFC富集分析
R包"clusterprofiler"、"ggplot2"
GOKEGG联合logFC图
圈
互作网络分析
String数据库
cytoscape软件
差异基因PPI网络图
甲基化分析
MethSurv数据库
高低甲基化分组KM曲线
甲基化水平热图
免疫浸润分析
TIMER数据库
免疫细胞生物标志物相关性表
免疫浸润棒棒糖图
免疫细胞生物标志物相关性热图
免疫细胞生物标志物相关性散点图
联合
套路二
基线资料图
泛癌比较点图
基因表达分组比较点图
回归分析
Logistic回归
单/多因素COX回归分析
GEO数据集验证
诊断预后研究
survival
forestplot
多因素Cox回归森林图
pROC
timeROC
时间依赖ROC
相关性分析
相关性热图
联
GOKEGG富集分析
DAVID数据库
GOKEGG分析
ggplot2
GOKEGG气泡图
STRING数据库
Cytoscape
PPI网络图
R包"GSVA"
免疫浸润相关性散点图
TISIDB数据库
免疫浸润泛癌热图
套路三
基线数据图
甲基化调节基因差异比较箱线图
细胞培养
细胞系表达差异柱状图
样本观察
IHC病理切片
预后分析
limma
临床变量分组叠加柱状图
临床变量分组KM曲线
单/多因素Cox回归森林图
rms
预后列线图
预后校准曲线
ggalluvial
桑基图
差异分析
高低风险组差异基因表达热图
GOKEGG分析和GSVA分析
GOKEGG圈图
GSVA热图
R语言软件
免疫浸润箱线图
免疫功能分组下的KM曲线
ESTIMATE小提琴图
TIDE数据库
TIDE分数小提琴图
"limma""ggplot2""corrplot"
免疫检查点相关性热图
药物敏感性分析
基因敲除对细胞增殖和凋亡的影响
慢病毒构建和感染
CCK-8增殖测定
流式细胞术凋亡检测
基因敲除对细胞迁移和侵袭的影响
伤口愈合迁移测定
跨孔侵袭试验
NSUN5和p53通路的关系
GSEA经典可视化
验证NSUN5在体内的致瘤作用
小鼠异种移植模型和皮下植入肿瘤