Day12 单基因套路举例

Day12 单基因套路举例，如数据获取、差异比较、诊断分析和生存分析、单基因差异表达、GOKEGG联合logFC富集分析、互作网络分析、甲基化分析、免疫浸润分析... ...

单基因套路

• 套路一
  • 数据获取
    • TCGA数据库
    • GEO数据库
  • 差异比较
    • R
      • 泛癌比较箱型图
      • 配对样本图
      • 基因表达分组比较箱型图
      • 临床分组对比图
    • qRT-PCR
      • 基因表达分组比较柱状图
  • 诊断分析和生存分析
    • R
      • 诊断ROC
    • R包"survival"和"survminer"
      • K-M曲线
        • 靠
  • 单基因差异表达
    • R
      • 火山图
      • 共表达热图
  • 挑
  • GOKEGG联合logFC富集分析
    • R包"clusterprofiler"、"ggplot2"
      • GOKEGG联合logFC图
        • 圈
  • 互作网络分析
    • String数据库
    • cytoscape软件
      • 差异基因PPI网络图
  • 甲基化分析
    • MethSurv数据库
      • 高低甲基化分组KM曲线
      • 甲基化水平热图
  • 免疫浸润分析
    • TIMER数据库
      • 免疫细胞生物标志物相关性表
      • 免疫浸润棒棒糖图
      • 免疫细胞生物标志物相关性热图
      • 免疫细胞生物标志物相关性散点图
  • 联合
• 套路二
  • 数据获取
    • TCGA数据库
      • 基线资料图
    • GEO数据库
  • 差异比较
    • R
      • 泛癌比较点图
      • 基因表达分组比较点图
      • 配对样本图
      • 临床分组对比图
    • 挑
  • 回归分析
    • R
      • Logistic回归
      • 单/多因素COX回归分析
    • 靠
  • GEO数据集验证
    • R
      • 基因表达分组比较点图
      • 配对样本图
    • 挑
  • 诊断预后研究
    • R
      • survival
        • K-M曲线
      • forestplot
        • 多因素Cox回归森林图
      • pROC
        • 诊断ROC
      • timeROC
        • 时间依赖ROC
    • 靠
  • 相关性分析
    • R
      • 共表达热图
      • 相关性热图
    • 联
  • GOKEGG富集分析
    • DAVID数据库
      • GOKEGG分析
    • ggplot2
      • GOKEGG气泡图
    • 圈
  • 互作网络分析
    • STRING数据库
    • Cytoscape
      • PPI网络图
  • 免疫浸润分析
    • R包"GSVA"
      • 免疫浸润棒棒糖图
      • 免疫浸润相关性散点图
    • TISIDB数据库
      • 免疫浸润泛癌热图
      • 免疫浸润相关性散点图
  • 联
• 套路三
  • 数据获取
    • TCGA数据库
      • 基线数据图
  • 差异比较
    • R
      • 甲基化调节基因差异比较箱线图
      • 基因表达分组比较点图
      • 配对样本图
      • 临床分组对比图
    • 细胞培养
      • 细胞系表达差异柱状图
    • 样本观察
      • IHC病理切片
    • 挑
  • 预后分析
    • limma
      • 临床变量分组叠加柱状图
    • ggplot2
      • 临床变量分组KM曲线
    • forestplot
      • 单/多因素Cox回归森林图
    • rms
      • 预后列线图
      • 预后校准曲线
    • ggalluvial
      • 桑基图
    • 联
  • 差异分析
    • R
      • 高低风险组差异基因表达热图
    • 挑
  • GOKEGG分析和GSVA分析
    • R
      • GOKEGG圈图
      • GOKEGG气泡图
      • GSVA热图
    • 圈
  • 免疫浸润分析
    • R语言软件
      • 免疫浸润箱线图
      • 免疫浸润棒棒糖图
      • 免疫功能分组下的KM曲线
      • 免疫浸润相关性散点图
      • ESTIMATE小提琴图
    • TIDE数据库
      • TIDE分数小提琴图
    • "limma""ggplot2""corrplot"
      • 免疫检查点相关性热图
  • 药物敏感性分析
  • 基因敲除对细胞增殖和凋亡的影响
    • 慢病毒构建和感染
    • CCK-8增殖测定
    • 流式细胞术凋亡检测
  • 基因敲除对细胞迁移和侵袭的影响
    • 伤口愈合迁移测定
    • 跨孔侵袭试验
  • NSUN5和p53通路的关系
    • GSEA经典可视化
  • 验证NSUN5在体内的致瘤作用
    • 小鼠异种移植模型和皮下植入肿瘤
  • 联