导图社区 Day15 非肿瘤套路举例
Day15 非肿瘤套路举例的思维导图,如数据获取、差异分析、互作网络分析、GOKEGG富集分析、GSEA富集分析。
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思维导图
非肿瘤套路举例
套路一
数据获取
GEO数据库
差异分析
limma
火山图
pheatmap
表达热图
挑
互作网络分析
String数据库/Cytoscape
差异基因PPI网络图
联
GOKEGG富集分析
DAVID数据库
GOKEGG柱状图
GSEA富集分析
GSEA软件
GSEA经典可视化
圈
套路二
limma/GEO2R
jvenn在线工具
韦恩图
GOKEGG双向柱状图
GOKEGG气泡图
STRING数据库/Cytoscape软件
NetworkAnalyst
差异基因-TF网络图
差异基因-miRNAs网络图
药物和疾病分析
Enrichr
药物分析
差异基因-疾病网络图
套路三
MitoCarta3.0数据库/GeneCards数据库
array QualityMetrics
据处理标准化箱线图
FactoMineR和factoextra
PCA图
R
GOKEGG联合LogFC富集分析
clusterProfiler
GOKEGG联合LogFC和弦图
差异比较和相关性分析
RCircos
基因定位景观图
相关性热图
表达相关性散点图
PPI网络图
miRNet数据库
hub基因-miRNAs/TFs网络图
免疫浸润分析
CIBERSORT
免疫浸润热图
免疫浸润比较箱线图
免疫浸润叠加柱状图
免疫浸润相关性热图
功能验证和表达验证
qRT-PCR
线粒体功能和氧化应激箱线图
hub基因mRNA表达箱线图