导图社区 Day16.2 NetworkAnalyst数据库
Day16.2 NetworkAnalyst数据库的思维导图,其功能有基因表达、荟萃分析、功能分析、网络可视化分析。
关于Day30.2 Endnote攻略的思维导图,本专业和有兴趣的朋友们不要错过,可以下载做复习。
关于Day30 双疾病双表型的思维导图,本专业和有兴趣的朋友们不要错过,可以下载做复习。
关于Day29.2 CTD数据库的思维导图,本专业和有兴趣的朋友们不要错过,可以下载做复习。
社区模板帮助中心,点此进入>>
安全教育的重要性
个人日常活动安排思维导图
西游记主要人物性格分析
17种头脑风暴法
小儿常见病的辩证与护理
蛋白质
如何令自己更快乐
头脑风暴法四个原则
均衡饮食一周计划
思维导图
NetworkAnalyst数据库
概况
功能
基因表达
荟萃分析
功能分析
网络可视化分析
网址
https://www.networkanalyst.ca/NetworkAnalyst/home.xhtml
支持的数据类型
大小≤50M,基因数≤2万,样本数≤300个(选择DESeq2方法进行差异分析时,样本数≤50)的芯片或测序数据
文献引用
请注意引用NetworkAnalyst的文献(PMID:30931480、PMID:25950236、PMID:24861621、PMID:24078684、PMID:23766290)以及所用数据源对应的文献
差异分析
数据来源
自己的芯片或测序的数据
GEO等数据库挖掘的数据
数据类型
带有表达值的基因列表
芯片/测序表达谱数据
流程
上传数据
质检
归一化
差异基因
结果
热图
火山图
具体步骤
1.格式要求
样本名称
分组名称
基因名称及表达量
2.转换为制表符分隔的文本文件(.txt)
3. 点击“Gene Expression Table”
4.根据所上传的数据修改参数并上传文件
5.浏览质检结果
6.根据自身数据选择参数
网络分析及功能分析
1.数据上传
1.上传基因列表
1. 点击"Gene List Input”
2.直接输入基因列表
2.上传自己数据文件
2.使用示例数据
2.网络文件的输入
1.点击“Network File”
2.根据所上传的数据修改参数并上传文件
2.选择示例数据
2.网络数据库选择列表
蛋白-蛋白互作网络
通用的蛋白-蛋白互作网络(包括四个数据库)
IMEx数据库
STRING数据库
HuRI数据库
Rolland数据库
组织特异性PPI
1.点击“Tissue-specific PPI”
2.选择感兴趣的组织,设置过滤值(通常默认),点击“OK”
3.进入用于网络构建的工具
4.下载结果列表
5.调整后,点击Proceed
寄生/微生物PPI
基因调控网络
基因-miRNA互作网络(包括三个数据库)
miRTarBase数据库
TarBase数据库
miRecords数据库
转录因子-基因互作网络(包括三个数据库)
ENCODE数据库
JASPAR数据库
ChEA数据库
转录因子-miRNA互作网络
RegNetwork数据库
信号通路网络
SIGNOR 2.0数据库
疾病、药物/化合物调控网络
蛋白-药物互作
蛋白-化合物互作
基因-疾病互作
基因共表达网络
3.其他可视化工具
富集网络(ORA)
互作热图(ORA)
富集网络(GSEA)
互作火山图
互作热图(GSEA)
交互式PCA
交互式t-SNE
Venn图
弦式图