Day16.2 NetworkAnalyst数据库

Day16.2 NetworkAnalyst数据库的思维导图，其功能有基因表达、荟萃分析、功能分析、网络可视化分析。

NetworkAnalyst数据库

• 概况
  • 功能
    • 基因表达
    • 荟萃分析
    • 功能分析
    • 网络可视化分析
  • 网址
    • https://www.networkanalyst.ca/NetworkAnalyst/home.xhtml
  • 支持的数据类型
    • 大小≤50M，基因数≤2万，样本数≤300个（选择DESeq2方法进行差异分析时，样本数≤50）的芯片或测序数据
  • 文献引用
    • 请注意引用NetworkAnalyst的文献（PMID：30931480、PMID:25950236、PMID：24861621、PMID：24078684、PMID：23766290）以及所用数据源对应的文献
• 差异分析
  • 数据来源
    • 自己的芯片或测序的数据
    • GEO等数据库挖掘的数据
  • 数据类型
    • 带有表达值的基因列表
    • 芯片/测序表达谱数据
  • 流程
    • 上传数据
    • 质检
    • 归一化
    • 差异分析
    • 差异基因
  • 结果
    • 热图
    • 火山图
  • 具体步骤
    • 1.格式要求
      • 样本名称
      • 分组名称
      • 基因名称及表达量
    • 2.转换为制表符分隔的文本文件（.txt）
    • 3. 点击“Gene Expression Table”
    • 4.根据所上传的数据修改参数并上传文件
    • 5.浏览质检结果
    • 6.根据自身数据选择参数
• 网络分析及功能分析
  • 数据类型
    • 带有表达值的基因列表
    • 芯片/测序表达谱数据
  • 具体步骤
    • 1.数据上传
      • 1.上传基因列表
        • 1. 点击"Gene List Input”
        • 2.直接输入基因列表
        • 2.上传自己数据文件
        • 2.使用示例数据
      • 2.网络文件的输入
        • 1.点击“Network File”
        • 2.根据所上传的数据修改参数并上传文件
        • 2.选择示例数据
    • 2.网络数据库选择列表
      • 蛋白-蛋白互作网络
        • 通用的蛋白-蛋白互作网络（包括四个数据库）
          • IMEx数据库
          • STRING数据库
          • HuRI数据库
          • Rolland数据库
        • 组织特异性PPI
          • 1.点击“Tissue-specific PPI”
          • 2.选择感兴趣的组织，设置过滤值（通常默认），点击“OK”
          • 3.进入用于网络构建的工具
          • 4.下载结果列表
          • 5.调整后，点击Proceed
        • 寄生/微生物PPI
      • 基因调控网络
        • 基因-miRNA互作网络（包括三个数据库）
          • miRTarBase数据库
          • TarBase数据库
          • miRecords数据库
        • 转录因子-基因互作网络（包括三个数据库）
          • ENCODE数据库
          • JASPAR数据库
          • ChEA数据库
        • 转录因子-miRNA互作网络
          • RegNetwork数据库
        • 信号通路网络
          • SIGNOR 2.0数据库
      • 疾病、药物/化合物调控网络
        • 疾病、药物/化合物调控网络
          • 蛋白-药物互作
          • 蛋白-化合物互作
          • 基因-疾病互作
        • 基因共表达网络
      • 基因共表达网络
    • 3.其他可视化工具
      • 富集网络（ORA）
      • 互作热图（ORA)
      • 富集网络（GSEA）
      • 互作火山图
      • 互作热图（GSEA)
      • 交互式PCA
      • 交互式t-SNE
      • Venn图
      • 弦式图