转录组（mRNA）

转录组（mRNA）的思维导图，分享了应用、样品、测序建库、结果分析、有参、无参的知识。

转录组（mRNA）

• 应用
  • 功能机制
  • 诊断、预后biomarker
• 样品
  • 常规样品（细胞、组织等）低温、速冻
  • 风险样品（体液、FFPE)多采、备份。实在少就建议small RNA或签风险协议
  • 重复有效样本3个以上、动物模型3-5，临床5-8
• 测序建库
  • polyA富集、去rRNA和片段回收
• 结果分析
  • 差异基因（火山图、热图）
  • 功能分析go、kegg
  • 高级分析互作图、WGCNA（加权基因共表达网络分析)（ceRNA网络互作、lnc高级分析）
• 有参
  • 转录组
  • 全转录组（lncRNA、cirRNA)
  • smallRNA(miRNA、piRNA)
• 无参
  • 转录组（mRNA）
  • 全转录组(lncRNA)
  • small RNA(miRNA、piRNA)
• 芯片技术（人和鼠）
• 基因组重测序（SNP、indel、CNV和SV）
  • WGS（30x）
  • WES(200x）
  • 极端混池BSA
  • 简化基因组
  • 低深度重测
  • 应用
    • 农学
      • 群体进化
      • GWAS
    • 医学
      • 单基因疾病
        • 家系正常和患病各1-2
        • 散发≥100/30
      • 多基因疾病
        • 非肿瘤≥100/30
        • 肿瘤（同一亚型配对癌和癌旁组织）几十上百