Day17.2 Human Protein Atlas数据库

Day17.2 Human Protein Atlas数据库的思维导图，本专业和有兴趣的朋友们不要错过，可以下载做复习。

Human Protein Atlas数据库

• 简介
  • 网址：https://www.proteinatlas.org/
  • 引用
    • 使用HPA数据库信息发表文献时，请注意标明网址（www.proteinatlas.org），并引用相关文献
    • Thul, P. J. (2017). A subcellular map of the human proteome. Science, 356(6340). doi:10.1126/science.aal3321
    • Uhlen, M. (2015). Proteomics. Tissue-based map of the human proteome. Science, 347(6220), 1260419. doi:10.1126/science.1260419
    • Uhlen, M. (2017). A pathology atlas of the human cancer transcriptome. Science, 357(6352). doi:10.1126/science.aan2507
• 蛋白信息检索
  • 蛋白简单检索
  • 蛋白高级检索
    • 点击Fields即可显示多种领域限定的选项
    • 检索基因
    • 领域限定
    • 可靠度选项
    • 勾选证据等级
• 蛋白信息解读
  • SUMMARY
    • HUMAN PROTEIN ATLAS SUMMARY
      • 蛋白名称
      • 基因名称
      • 组织特异性
      • 细胞定位
      • 肿瘤预后信息总结
      • 脑组织表达特异性
      • 血液表达特异性
      • 预测定位
      • 蛋白质功能
      • 分子功能
      • 生物学过程
      • 基因功能小结
    • TISSUE ATLAS
      • 组织图谱
      • 组织特异性
      • 组织分布
      • 蛋白质表达部位
    • CELL ATLAS
      • 细胞系图谱
      • 细胞中主要定位
      • 细胞系表达特异性
    • BRAIN ATLAS
      • 脑组织图谱
      • 人脑组织中表达RBM3区域特异性程度
      • 小鼠脑组织中表达RBM3区域特异性程度
    • BLOOD ATLAS
      • 血液样本图谱
      • 中性粒细胞/单核细胞/树突状细胞/NK细胞/B细胞/T细胞
      • 免疫细胞特异性
      • 可否使用免疫学方法在血液中检测到
      • 可否用质谱在血液中检测到
    • PATHOLOGY ATLAS
      • 病理学图谱
      • 组织免疫组化
      • 肿瘤预后生存图（结直肠癌）
      • 预后信息总结
      • 肿瘤组织特异性表达
      • 肿瘤组织中分布
    • GENE INFORMATION
      • 基因名
      • 同义词
      • 基因描述
      • 染色体
      • 染色体区段
      • 染色体位置
      • 转录本数量
      • 蛋白质信息
      • Ensembl中蛋白质信息
      • Entrez gene号
      • Uniprot号
      • neXtProt 号
      • 抗体全书库
    • PROTEIN BROWSER
      • 三种蛋白可变剪切体
      • HsID
      • 抗原性
      • 蛋白可识别的位点
    • PROTEIN INFORMATION
      • 可变剪切体
      • Uniprot号
      • 蛋白质定位
      • GO注释
      • 全长与质量
      • 信号肽
      • 跨膜区域
  • TISSUE ATLAS
    • GENERAL INFORMATION
      • 基因名
      • 基因简述
      • 预测表达定位
      • 转录本数量
    • HUMAN PROTEIN ATLAS INFORMATION
      • RNA表达组织特异性
      • RNA表达组织分布
      • 蛋白质证据等级
      • 蛋白质表达定位
    • IMMUNOHISTOCHEMISRY DATA RELIABILITY
      • 数据可靠度描述
      • 可靠度评分
      • 抗体
    • RNA AND PROTEIN EXPRESSION SUMMARY
      • RNA表达评分
      • 蛋白质表达评分
      • 组织类型
      • 表达水平
      • 免疫组化图
    • PROTEIN EXPRESSION OVERVIEW
      • 蛋白质表达总览
    • RNA EXPRSSION OVERVIEW
  • CELL ATLAS
    • 导航栏
      • 细胞图谱
      • RNA 表达
      • 人类细胞
    • 基本信息
      • 基因名称
      • 基因描述
      • 预测位置：基于信号肽和跨膜区域的预测方法，分析基因的所有转录本，以了解相应蛋白质的位置
      • 转录本数量：由Ensembl定义的从该基因转录的蛋白质编码数目
    • HPA信息
      • 总结：定位于核质
      • RNA细胞特异性：细胞株特异性低
      • RNA细胞分布
      • 蛋白质证据等级
      • 蛋白质表达主要位置：定位于核质（增强）
      • 单细胞变化
    • 单细胞变化
    • 数据的可靠性
      • 可靠性分数
      • 抗体信息
    • 检测方式
    • RNA表达概述
      • RNA表达概述
      • 按照器官排列的细胞系
      • 不同颜色对应不同组织器官的细胞系
  • PATHOLOGY ATLAS
    • 基因基本信息
      • 基因名称
      • 基因描述
      • 亚细胞定位
      • 转录本数量
    • 人蛋白质图谱信息
      • RNA类别
      • 蛋白质证据评分
      • 正常组织中蛋白的亚细胞定位
    • 免疫组织化学数据可靠性
      • 数据可靠性描述
      • 可靠性得分
      • 用于测定该蛋白的抗体
    • 肿瘤预后概览
    • RNA表达概述
    • 蛋白表达数据
    • 蛋白表达概述
    • 生存分析
  • BRAIN ATLAS & BLOOD ATLAS
    • 脑图谱页面
    • 基本信息
    • 人类蛋白质图谱信
    • 人脑RNA表达
    • HPA小鼠脑RNA-Seq数据集
  • BLOOD ATLAS
    • 血细胞图谱
    • 基本信息
      • 人类蛋白质图谱信息
      • 基因描述
      • 预测位置
    • 人类蛋白质图谱信息
      • RNA细胞系特异性
      • RNA血细胞系谱分布
      • RNA血细胞类型特异性
      • RNA血细胞类型分布
      • 血液样本的免疫学检测
      • 质谱
    • 不同血细胞类型中的表达值
    • 基于免疫学检测血液中的蛋白质浓度
    • 血浆中蛋白质的浓度
    • 血浆中检测到的蛋白质-邻近延伸分析