Day18 单基因-泛癌套路举例

Day18 单基因-泛癌套路举例的思维导图，本专业和有兴趣的朋友们不要错过，可以下载做复习。

单基因-泛癌套路举例

• 套路一
  • 表达差异
    • DESeq R package
      • TCGA数据库
      • UCSCXena数据库
    • HPA数据库
    • 挑
  • 生存预后分析
    • Cox回归分析
      • 森林图
        • 泛癌中EXOC3L1表达和OS的关系
        • 泛癌中EXOC3L1表达和DSS的关系
        • 泛癌中EXOC3L1表达和PFI的关系
    • K-M曲线
      • EXOC3L1高/低表达组K-M曲线(OS)
      • EXOC3L1高/低表达组K-M曲线 (DSS)
      • EXOC3L1高/低表达组K-M曲线(PFI)
  • 诊断ROC
    • 多种癌症的诊断ROC曲线
  • 基因表达和临床特征的相关性分析
    • 和多种临床特征的相关性-分组比较图
  • 列线图模型构建
    • 列线图
    • 校准曲线
  • 靠
  • 免疫浸润分析
    • TIMER2.0数据库
      • 相关性热图
    • 基于免疫浸润分组的K-M曲线
    • 联
  • 功能富集分析
    • GEPIA2数据库
    • 泛癌中相关基因的热图
    • GOKEGG富集分析气泡图
    • 基因集富集分析 (GSEA) 经典可视化图 (clusterProfiler R package)
    • 圈
  • PPI网络分析
    • STRING 数据库
    • 联
• 套路二
  • 基因表达和数据集获取
    • HPA数据库
      • 在人体器官和组织中的RNA和蛋白质表达谱
    • TCGA+GTEx数据库
      • 基因表达分组比较图(正常vs疾病)
      • 基因表达分组比较图(癌旁vS疾病)
    • R包“ggplot2”
  • 诊断ROC分析
    • R包“pROc”(v1.17.0.1)和“ggplot2”
      • 表达水平的诊断ROC曲线
  • 生存分析
    • TCGA数据库
      • HELLS高/低表达组的K-M分析 (OS/DSS/PFI) 的森林图
      • HELLS高/低表达组的K-M曲线 (OS)
    • R包“survminer”和“ggplot2” package
  • 靠
  • 基因在癌症不同的分子亚型和免疫亚型中的表达
    • TISIDBs数据库
      • 表达和免疫亚型的相关性-分组比较医
  • 基因变异分析
    • cBioPortals数据库
      • 突变信息图
      • 变异(突变和CNAs)频率柱状图
      • 基因变异与其在肿瘤中的表达之间的相关性
  • 挑
  • PPI网络分析
    • STRING数据库
      • 构建PPI网络并导出相关数据
    • Cytoscape软件 (v3.8.2)) 和cytoHubbac插件
      • 进一步分析PPI网络，鉴定top10 hub基因
    • Cytoscape软件 (v3.8.2)) pathlinker插件
      • 通过10个hub基因构建受体到转录因子的多条短路径
    • HELLS和hub基因的相关性分析
      • 相关性热图
    • 联
  • GOKEGG富集分析
    • STRING 数据库
      • 与目标基因互作关系紧密的基因
    • R包 “clusterProfiler”和“org,Hs.eg.db”
      • GOKEGG富集分析
    • R包“ggplot2.”
      • GOKEGG富集分析气泡图
  • 激活或抑制的通路分析
    • GSCALite平台
      • 癌症相关激活或抑制的通路分析结果
  • 基因集富集分析(GSEA)
    • R包“clusterProfiler”
      • 高/低表达组基因集富集分析 (GSEA)
    • R包“ggplot2”
      • GSEA结果的可视化-GSEA山峦图
  • 多种癌症的功能状态分析
    • 癌细胞在单细胞水平的功能状态
      • 基因在16种癌症中与功能状态的相关性的交互气泡图
      • 基因在以下癌症中与功能状态的相关性
  • 圈
  • 免疫浸润分析
    • “ssGSEA”算法的R包“GSVA”
      • 基因表达和肿瘤浸润淋巴细胞、免疫刺激剂、免疫抑制剂、MHC分子、趋化因子和趋化因子受体相关性
    • R包“ggplot2“
      • 基因表达和肿瘤浸润淋巴细胞、免疫刺激剂、免疫抑制剂、MHC分子、趋化因子和趋化因子受体相关性热图的绘制
    • 联
• 套路三
  • 表达差异
    • TCGA数据库
      • 表达分组比较
    • TCGA+GTEx数据库
      • 表达分组比较
    • CCLE数据库
      • 在肿瘤组胞中的表达水平
    • HPA数据库
      • 在肿瘤组胞中的表达水平
    • 挑
  • 生存分析
    • K-M曲线
    • 单因素Cox回归(OS/DFS)
      • 森林图
    • 靠
  • 单细胞测序分析
    • GEO数据库
      • 单细胞测序数据集
      • 高/低表达组的K-M曲线(OS)
    • NCBI BioProject
      • 单细胞测序数据集
    • GSAs数据库
      • 单细胞测序数据集
    • 单细胞测序数据集获取
    • PCA分析
      • 主成分分析 (PCA)
    • 细胞注释
      • R包 infercnv 和copykat
    • UMAP函数降维分析+R包"VInplot”、-Dimplot"和”Featureplot”
      • 单个细胞的组成、分布和基因的表达水平
      • 基因高表达的整体细鲍间通讯模式
      • 基因表达的细胞间细胞因子相关通讯模式
      • 基因表达的生长因子相关通讯模式
      • 基因表达的检查点相关通讯模式
      • 基因表达的其他相关通讯模式
    • 圈
  • DNA甲基化分析
    • GSCALite平台
      • 不同癌症中基因的DNA甲基化差异
      • 32种癌症类型中基因的DNA甲基化与mRNA表达的相关性
  • 基因变异分析
    • cBioPortals数据库
      • 基因在32项癌症研究中的变异（突变和CNAs)频率柱状图
      • 32项癌症研究中基因的突变数量和类型
      • 目标基因拷贝数变异与其在肿瘤中的表达之间的相关性
    • 在人类癌症中的CNV、SNV和可变剪接分析
      • CNV图谱
      • 纯合性扩增或缺失CNV
      • 异质性扩增或缺失CNV
      • mRNA表达之间的相关性
      • SNV谱
      • 多种癌症SNV 突变模型
      • 可变剪切事件的PSI分布
      • 可变剪切事件的PSI差异
      • 可变剪切事件中的PSI分布和PFS以及OS
  • 挑
  • 免疫荧光染色
    • 在阳性对照组织中的免疫荧光染色图像
    • 在不同Gleason评分的组织中的蛋白表达
    • 在星形细胞瘤、AA和GBM中的蛋白表达
    • 在LSCC、PTC和悠旁组织中的蛋白表达
    • 在OSC和OSPC中的蛋白表达
    • 在CSCC、EAC、BUC、UUC、PSCC、SGCT和癌旁组织中的蛋白表达
  • 免疫浸润分析
    • TIMER2.0数据库
      • 基因表达与免疫评分ESTIMATE评分和基质评分之间的相关性散点图
      • 泛癌中基因表达与几种免疫细胞漫润水平的相关性热图
    • 基因表达与免疫检查点(ICP)、肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)和新抗原之间的关系
      • 基因表达与33种癌症中免疫检查点基因水平之间的相关性
      • 基因表达与33种癌症中MMR标记物之间的相关性热图
      • 基因表达与33种癌症中MSI之间的相关性雷达图
      • 基因表达与33种察症中TMB之间的相关性需达图
      • 基因表达与DNA甲基转移酶之间的Pearson相关性分析
      • 基因表达与新抗原的相关性散点图
    • 基因表达与MMR基因以及DNA甲基转移酶之间的相关性
      • 通过hub基因构建受体到转录因子的多条短路径
  • 联
  • 功能富集分析
    • OPENTARGET数据库
      • 基因相关疾病网络
    • STRING数据库
      • 使用STRING获得目标基因结含蛋白
      • GSEA经典可视化图
      • GSVA分析结果-和目标基因表达相关的GOterm
      • GSCALite的通路活性模块
      • 6种基因mRNA表达对通路活性具有潜在影响的癌症比例
    • 圈
  • 免疫疗法药物反应预测
    • 不同肿瘤细胞系之间的细胞因子治疗前和治疗后之间的目标基因表达水平
    • 不同肿瘤模型中处理前后以及应答者和无应答者之间的目标基因表达水平
    • 目标基因表达水平与人类免治疗队列的反应结果和OS之间的关系
  • 药物敏感性预测
    • GSCALite数据库
      • 目标基因表达与GDSC数据库和CTRP数据库的小分子/药物敏感性的相关性
  • 靠