Day18.2 GEPIA数据库

关于Day18.2 GEPIA数据库的思维导图，本专业和有兴趣的朋友们不要错过，可以下载做复习。

GEPIA数据库

• 操作解析
  • 单基因分析
    • 输入目的基因名
      • Official Gene Name（如ERBB2）
      • Ensemble Gene ID（如ENSG00000141736）
      • Entrez ID（如2064）
    • 总览
      • 基本信息
      • 基因的泛癌差异表达谱（散点图）
      • 基因的泛癌差异表达谱（柱状图）
      • 基因的不同转录本（表）
      • 相似基因表
      • 常见概念
        • RPKM（Reads Per Kilobase Million 每千碱基百万个读数）
        • FPKM（Fragments Per Kilobase Million 每千碱基百万个碎片）
        • TPM（Transcripts Per Kilobase Million每千碱基转录本）
    • Differential Genes（差异表达基因分析）
      • 1.Analysis Expression-Differential Genes
      • 2.选择完参数后点击“List”或“Plot”
      • 3.选择分析方法
        • ANOVA：方差分析
        • LIMMA：一种做基因差异表达的经典算法
        • 常见
        • Top 10 :选出该基因表达排在前10%的肿瘤样品
    • Expression DIY （用于基因在肿瘤中差异表达和共表达的图形绘制）
      • 1.点击“Expression DIY”
      • 2.在“Profile”子版块下输入各项参数后，点击“Plot”
      • 3.在“Box Plot”子版块下设置参数后，点击“Plot”
        • 箱式图
        • 基因集分析
        • 肿瘤亚型分析
          • 肿瘤VS正常（Stacked）
          • 肿瘤亚型VS正常（separated）
          • 肿瘤亚型之间比较
      • 4.点击“Stage Plot ”子版块， 设置参数后点击“Plot”
        • 小提琴图
      • 5.点击“Multiple Gene Comparison” ，设置完参数后点击“Plot”
        • 热图
        • 结果展示
        • 外接plotly
    • Survival Analysis（生存分析版块）
      • 1.Survival analysis-Survival Plot，点击plot
        • 生存曲线
  • 基于癌症类型分析
  • 多基因分析
• 简介
  • Gene Expression Profiling Interactive Analysis
  • 网址
    • http://gepia.cancer-pku.cn/
    • http://gepia2.cancer-pku.cn/
  • 使用GEPIA需引用的文献
    • Tang, Z. et al. (2017) GEPIA: a web server for cancer and normal gene expression profiling and interactive analyses. Nucleic Acids Res,10.1093/nar/gkx247.