导图社区 Day21 临床预测模型套路
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临床预测模型套路
套路一
数据收集和预处理
TCGA和CGGA数据库+GTEx数据库
CGGA数据库
差异表达基因（DEGs）鉴定
基因集富集分析（GSEA）
基因集B
相关基因
GEPIA2数据库
STRING数据库
PPI网络
绘制相关性热图
挑
相关基因预后模型的构建和评价
单因素Cox回归分析
LASSO回归分析
K-M生存分析
筛选特征性预后相关基因
多因素Cox回归分析
风险因子图
TCGA的K-M曲线
CGGA的K-M曲线
时间依赖性ROC曲线
TCGA
CGGA
分层分析
预后基因表达与临床因素的关系比较图
单因素和多因素Cox回归分析
单因素Cox回归分析-森林图
多因素Cox回归分析-森林图
时间依赖ROC
列线图模型构建和评价
列线图
校准曲线
靠
功能富集分析
ClusterProfiler
GOKEGG富集联合LogFC圈图
GOKEGG富集分析-气泡图
圈
基因改变分析
cBioPortal
oncoprint
免疫浸润分析
CIBERSORT
stromal risk score的分组比较图
TIMER2.0数据库
immune score的分组比较图
estimate score的分组比较图
联
套路三
GEO数据库
NRGs获取
数据预处理
limma
171个DRGs
DEGs的火山图
肾IRI中DEG和NRG韦恩图
对照样品和IRI样品中16个相关基因的表达热图
显示表达的箱线图和散点图
GO富集分析圈图
DE-NRG的KEGG通路分析圈图
IRI样品的非负矩阵分解(NMF)分析
当k=2时的NMF聚类的一致图
GOKEGG联合logFC圈医
GOKEGG气泡图
同表型、残差、RSS和轮廓的分布，等级为2-10
两个族之间DE-NRG的表达谱的PCA图
热图（显示DE-NRG的表达景观和两个簇的临床特征)
箱线图(两个之间16个DE-NRG的表达)
两个链之间供体差异的直方图
两个簇之间DGF发生率差异的直方图
DGF预测模型的建立和验证
随机森林树
基尼系数重要性度量
在最佳点处用SVM-RFE算法选择特征NRG
韦恩图(RF识别的前10个NRG与SVM-RFE饰选的9个NRG交集)
LASSO系数师选曲线和LASSO变量轨迹曲线 (4个保选NRG)
ROC曲线(训练集、内部测试集、整体集和外部验证集)
桑葚图
构建用于长期生存的预测模型
单变量Cox回归分析-森林图
LASSO系数筛选曲线和LASSO变量轨迹曲线(2个候选NRG)
特征签名中的候选NRG的LASSO系数
风险因子图(两个风险组)
K-M生存分析(训练集、测试集和整体集)
时间依赖性ROC分析(训练集、测试集和整体集)
两组之间AR发生率差异的直方图
AR和非AR接受者之间的风险评分的比较
富集分析
GO和KEGG富集分析
GO和KEGG富集分析-圈图和表
基因集富集分析(GSEA)
GSEA经典可视化图
基因集变异分析 (GSVA)
热图
免疫细胞分析
ssGSEA
两组之间23种类型的免疫细胞的漫润的豆莫图
使用其他五种算法的组间嗜中性粒细胞浸润的比较-分组比较图
相关性热图
动物实验（用于验证）
小肾缺血再灌注的手术过程
来自Sham小鼠、IRI小鼠和IRI+ G31 P小的肾组织的H&E染色
Sham组、IRI组和IRI+ G31 P组中测量血清肌肝和BUN
对照组和IRI组肾组织Cxcl1 RNA表达
假手术小鼠、IRI小鼠和IRI4 G31 P小中NE的免疫组织化学染色
假手术组IRI组和IRI+G31P组血清中NET相关标志物 (dsDNA、MPONE)
套路二
TCGA+GTEx
Sanger Box工具
用来标准化
DESeq2
表达差异分析
OmicStudio工具
火山图
ggpubr
基因表达水平分组比较图
String数据库
GOKEGG富集分析
GOKEGG联合LogFC圈图
GSEA富集分析
GSEA富集分析经典可视化图
预后基因鉴定
单因素Cox回归
单因素Cox回归-森林图
LASSO回归
LASSO系数筛选曲线
LASSO变量轨迹曲线
多因素Cox回归
多因素Cox回归-森林图
相关基因模型的构建和验证
测试集基于单因素Cox回归+LASSO回归构建的风险因子图
验证集风险因子图
测试集时间依效ROC曲线 (1/3/5年)
验证集时间依赖ROC曲线 (1/3/5年)
单因素Cox回归分析-春林图(临床变量+风险评分)
多因素Cox回归分析-森林图(临床变量+风险评分)
相关预后基因和临床特征的关系-分组比较图
列线图模型的构建和验证
列线图（临床变量+风险评分)
列线图校准曲线
时间依赖ROC(临床变量+风险评分)
药物敏感性分析
可用的半数最大抑制浓度（IC 50) 分组比较图
PubChem数据库
小分子化合物的3D构象
肿瘤微环境和免疫细胞浸润的分析
CIBERSORT算法
分组比较图（高/低风险组)
相关性散点图
细胞实验(用于验证)
GSDMC的敲低抑制PAAD细胞增和迁移
Western blot结果
CCK 8测定结果-折线图
集落形成测定结果和分组比较柱状围
Edu测定结果和分组比较柱状图
Transwell实验结果和分组比较柱状图
伤口愈合测定结果和分组比较柱状图
GSDMC的恢复挽救了由GSDMC沉默诱导的细胞增殖、迁移和侵萎的抑制
CCK8测定结果-折线网
集落形成测定结果和分组比较柱状图
细胞侵袭结果和分细比较柱状图
过表达GSDMC促进PAAD中的细胞增殖和侵袭
PANC-细胞和CFPACI细胞的克隆形成结果和分组比较柱状图
PANCI细胞和CFPAC-I细中Edu染色结吴和分组比较柱状图
细胞侵袭结果和分组比较柱状图
伤口愈合测定结果和分组比较柱状圈
A443654抑制PAAD的细胞增死
CCK8测定结果-折线图
代表性细胞周期分析结果
细胞同期结果的定量和分组比较柱状图
