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Day23-26 生信写作

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编辑于2023-09-01 13:39:18 浙江省

生信

俊雄

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芝芝

生信写作

方法

要素

数据来源

数据分析方法和统计分析

伦理和安全问题（在有湿实验的情况下）

参考文献

作用

使读者能够理解本项研究

保证实验可重复性

识别实验中的误差

总结

做了什么样的实验设计

分析的对象是什么

怎么做的数据分析

详细

数据收集

数据的来源和收集方式

TCGA 数据库

GEO 数据库

实验室内部产生的数据

描述数据收集的方法、实验设计和样本信息

数据的类型与规模

数据的预处理

使用了什么 R 包（包括版本号、参考文献以及网址）

做了什么标准化处理

排除了哪些数据（要写明筛选的标准，P 值）

是否需要按照基因的高低表达进行分组

特殊情况

处理过的数据格式用来做后续分析

如果有空白，未知数据会被当做是确实值

对于伦理声明的陈述

差异表达分析

常用R 包

Limma

Deseq2

Edge2

常用数据库

GRO 表达谱芯片

GRO 测序

TCGA 测序

分子

mRNA

蛋白编码 RNA

LncRNA

miRNA

circRNA

参数

阈值

P 值

Log2FC

FDR

富集分析

识别与特定生物学过程

识别细胞组分相关的富集项

识别分子功能相关的富集项

KEGG

识别与特定通路、功能类别或疾病相关的富集项

GSEA

基于基因集合的整体分布模式，来识别与特定生物学过程、通路或功能相关的富集项

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可以评估基因集在样本中的变化模式，并评估与特定生物学过程、通路或功能相关的富集程度

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构建相关系数矩阵

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模块与表型关联热图

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免疫浸润

ssGSEA

反映了基因集在样本中的相对富集程度，可以用来衡量免疫细胞的浸润程度

CIBERSORT

分子互作网络构建

PPI 网络

需要介绍 PPI 的全称

介绍所使用的分析工具以及参考文献

介绍所使用的 PPI 数据库

介绍 MCODE(Molecular Complex Detection)

介绍的时候我们设置的参数

ceRNA 网络

差异 circRNA 的 RBP（RNA binding Protein）分析

TF-靶基因网络构建

临床预后

常见方法

秩和检验-两独立样本

Wilcoxon rank sum test/ Mann-Whitney U test

两配对样本

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多个独立样本

Kruskai-Wallis H test