导图社区 Day23-26 生信写作
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小儿常见病的辩证与护理
蛋白质
均衡饮食一周计划
消化系统常见病
耳鼻喉解剖与生理
糖尿病知识总结
细胞的基本功能
体格检查:一般检查
心裕济川传承谱
解热镇痛抗炎药
生信写作
方法
要素
数据来源
数据分析方法和统计分析
伦理和安全问题(在有湿实验的情况下)
参考文献
作用
使读者能够理解本项研究
保证实验可重复性
识别实验中的误差
总结
做了什么样的实验设计
分析的对象是什么
怎么做的数据分析
详细
数据收集
数据的来源和收集方式
TCGA 数据库
GEO 数据库
实验室内部产生的数据
描述数据收集的方法、实验设计和样本信息
数据的类型与规模
数据的预处理
使用了什么 R 包(包括版本号、参考文献以及网址)
做了什么标准化处理
排除了哪些数据(要写明筛选的标准,P 值)
是否需要按照基因的高低表达进行分组
特殊情况
处理过的数据格式用来做后续分析
如果有空白,未知数据会被当做是确实值
对于伦理声明的陈述
差异表达分析
常用R 包
Limma
Deseq2
Edge2
常用数据库
GRO 表达谱芯片
GRO 测序
TCGA 测序
分子
mRNA
蛋白编码 RNA
LncRNA
miRNA
circRNA
参数
阈值
P 值
Log2FC
FDR
富集分析
GO
识别与特定生物学过程
识别细胞组分相关的富集项
识别分子功能相关的富集项
KEGG
识别与特定通路、功能类别或疾病相关的富集项
GSEA
基于基因集合的整体分布模式,来识别与特 定生物学过程、通路或功能相关的富集项
GSVA
可以评估基因集在样本中的变化模式,并评估与特定生物学过程、通路或功能相关的富集程度
WGCNA
数据预处理
构建相关系数矩阵
Pearson相关系数
Spearman 相关系数
构建共表达网络
模块检测
层次聚类
k-means 聚类
模块性度量
关联分析
可视化形式
基因共表达网络图
模块与表型关联热图
模块内基因表达模式热图
免疫浸润
ssGSEA
反映了基因集在样本中的相对富集程度,可以用来衡量免疫细胞的浸润程度
CIBERSORT
分子互作网络构建
PPI 网络
需要介绍 PPI 的全称
介绍所使用的分析工具以及参考文献
介绍所使用的 PPI 数据库
介绍 MCODE(Molecular Complex Detection)
介绍的时候我们设置的参数
ceRNA 网络
差异 circRNA 的 RBP(RNA binding Protein) 分析
TF-靶基因网络构建
临床预后
常见方法
秩和检验-两独立样本
Wilcoxon rank sum test/ Mann-Whitney U test
两配对样本
Wilcoxon signe rank test
多个独立样本
Kruskai-Wallis H test
相关分析
Spearman correlation
单因素二分类逻辑回归
卡方检验
Cox 单多因素回归分析
Kaplan-Meier 生存分析
ROC 受试者工作曲线
所用的 nomogram、calibration plots 等
自变量
生存变量:OS/PFS/DSS 的状态与实践
参数:P 值,风险分层,cut-off 值
伦理声明
讨论
本研究的总结
交代研究目的,并对主要或重要研究结果、发现进行概述
结果的解释
对研究结果进行解释,并探讨可能的原因
与既往研究结果进行比较
机制的探讨
本研究的优势
结果的局限性以及其可能的影响
进一步研究的方向
注意
内容上不要交叉和重复
注意区分研究结果和结论
不要武断解释结果
结果的解释需基于数据和证据
结果的解释要考虑实际背景
结果的解释要避免片面性
结果
作用和要素
结果部分的内容应当简明扼要、逻辑严谨。
结果部分需要准确地用说明性材料-图和表描述主题成果或发现
结果部分
实验或数据分析数据
数据处理方法
统计分析结果
与研究问题或假设有关联的相关变量等信息
只能提供最直接的数据和结论
不需要详细描述所使用的方法
不能对所得到的数据展开讨论
开始
分析目的
中间
描述图表和表格
结束
对于结果做一到两句话的解读
引言
研究背景
提供对研究领域的背景和相关问题的描述
让读者了解研究的背景和现有知识的现状
通过 However,Therefore 这类的转折词说明目前研究领域所存在的不足,引出本研究的必要性
研究问题
具体阐明研究的问题
明确研究要解决的问题是什么
哪些方面需要探究
文献综述
对相关的文献进行综述
观察研究
实验研究
临床试验
系统综述
通过 However,Therefore 这类的转折词说明我们研究的问题对目标疾病发生发展具有指导意义和潜力
说明研究的前沿问题、有哪些不足、本研究与这些研究有何联系和差异,解释研究的意义,为读者提供本研究的重要性,并说明研究结果对于相关领域的具体应用和贡献
研究方法和研究目的
摘要
研究目的/背景
突出研究的主题和问题
简明扼要地表达出研究的目的
明确写明研究的数据来源,整体设计,关键分析,建立的模型
简明扼要地描述研究的主要发现和主要结果
结论
概括最重点的内容
含义
影响
价值
创新点
标题
传达重要信息和描述
对读者有吸引力
简明总结文章内容
与别的学者的区别
符合投稿杂志的要求