医院二期新建总建筑面积约32万平方米，地上建筑面积约23万平方米，主要涉及门急诊医技楼、医技住院楼、教学科研综合楼等建设
院前急救中心（直升机救援转运）、科研教学中心、智慧病房、检验中心
与普通医院不同，南方医科大学深圳医院作为医科大学直属附属医院，在提供高水平医疗服务的同时，把高层次人才培养作为医院发展的一项核心任务，从建院伊始就坚持医、教、研系统发展，着力谋划以高层次人才培养为目标的临床医学院建设，并在2019年7月获大学批复成立南方医科大学深圳临床医学院。
南医大深圳临床医学院已构建了涵盖从本科生到博士后的多层次、立体化人才培养体系，完善了临床医学从理论课程到技能培训和床边教学的全过程、多维度教学体系，开展了包括临床医学、护理学、康复医学、临床药学等10余个专业本科生以及30余个科室进修生的培养工作，并开始了留学生教育工作
南医大深圳医院既有与德国知名专家合作的三名工程护理教育团队，也有与国际知名医学教育机构、全球医学院校名录等官方发布者FAIMER合作的SMU-FRI(南方医科大学-FAIMER区域中心)业务骨干专家，在国际化医学教育方面走在前列。
蓝图：1.德国知名专家合作（三名工程护理教育团队）
2.国际知名医学教育机构、
3.全球医学院校名录等官方发布者FAIMER合作的SMU-FRI(南方医科大学-FAIMER区域中心)业务骨干专家
建成后，医院诊疗服务能力将进一步提升，设计新增1500张床位，手术中心、内镜中心、透析中心、介入治疗中心、放疗中心、急诊急救中心、影像中心、VIP等诊疗中心全面扩容。
更强大：手术中心、内镜中心、透析中心、介入治疗中心、放疗中心、急诊急救中心、影像中心、VIP等诊疗中心
医院急危重症救治能力将进一步增强，设置有5个复合手术室，将磁共振、CT、DSA、手术机器人等大型诊疗设备集成到洁净手术室里面，有利于开展更加疑难、复杂的手术，为急危重症救治提供有力支撑；增设100张ICU病床，大大提高全院ICU床配比。
医院科研也有了更广阔的发展空间。临床研究中心、生物标本库、公共测试中心、PI实验室等平台的建设，将有效促进临床研究、协同创新的开展及研究成果的转化，并吸引更多高层次人才团队加盟医院。
临床研究中心、生物标本库、公共测试中心、PI实验室等平台
二期将设置有专门的教学科研综合楼，包含教学、办公、图书馆、餐厅、宿舍等教学空间，建成后为学院的发展提供一流的硬件资源，满足1500名学生的教学培养需求。
延续一期工程“建设时尚、温馨现代化医院”的理念，二期工程融入滨海文化公园理念，在13层架空设置空中花园，建成一条800米长的空中观海跑道将三栋建筑连为一体，通过运动休闲主题，将“十个主题空间”串联起来，为就诊的患者及员工提供一个趣味、休闲、健身的运动花园。同时，为方便患者就诊停车，项目新建地下四层停车场，增加1200个停车位
