1901年，清政府为推行“新政”专门设立了督办政务处。督办政务处独立于军机处之外，地位十分重要。它的职能是：审阅综合各级官员的改革奏章，区分可行与不可行，可行的又分轻重缓急，仔细斟酌后向皇帝请示裁决；各部门所有“新政”改革章程及议定的事件经皇帝批示后都要送政务处颁发，这样督办政务处就成了清政府“新政”改革的核心决策机构。
“百日维新”期间行政执行所遇到的主要阻力：
（1）最高决策权的二元化。戊戌变法是在以慈禧太后为首的顽固派与光绪皇帝为首的改革派之间的斗争中进行的，最高决策权的不统一使得政令往往相左，下级无从执行。
（2）改革缺乏军事力量的保证。改革派没有军事实权，难以奏效。
（3）顽固派的顽强抵抗。改革触及到顽固派的根本利益，遭到其强烈反抗。
（4）地方官员的敷衍塞责。多数地方巡抚或是推诿或是粉饰应付，改革难以推动。
清末行政执行的新变化：
（1）中央各部实行专任之法，做到权责一致。
（2）加强各部尚书的行政权力。
（3）建立办公会议制度。
（4）行政执行逐步规范化、标准化。
晚清的行政监督体制仍以都察院作为全国最高监察机关。都察研究所是近代中国第一个监督研究机构和监察官员培训机构。
咨议局是作为清朝中央和地方议会的预备机关而设立的民意集议机关，对监督地方行政、分散督抚权力有一定作用，但它只有议事权，没有决定权。
清政府在成立“责任内阁”时，仿照英、日枢密院，设立了弼德院，作为皇帝的咨询机构，并用以制约内阁。
