氨基酸的带电状况与溶液的pH有关，改变pH可使氨基酸带上正电荷或负电荷，也可使其处于正负电荷数相等，即净电荷为零的兼性离子状态。这时的溶液pH值即为该氨基酸的等电点
在等电点以上的任一pH，氨基酸带净负电荷，并因此在电场中将向正极移动；在低于等电点的任一pH，氨基酸带正电荷，在电场中将向负极移动。
多肽链在超二级结构的基础上进一步折叠成近乎球状的结构，就是三级结构。
亚基（subunit）：有的蛋白质分子由两条以上的肽链通过非共价键相连聚合而成，每条多肽链称为一个亚基，即每个三级结构的球状蛋白质。也称单体蛋白质
别构蛋白质就是调节蛋白质，具有别构效应，即蛋白质与配基结合可改变蛋白质构象，进而改变其生物活性。
结构域：对于较小的蛋白质分子或亚基---其三级结构=结构域；对于由两个或两个以上相对独立的三维实体缔合而成的三级结构---------三维实体=结构域。所以，结构域是球状蛋白质的折叠单位。
别构蛋白质都是寡聚蛋白质。分子中每个亚基都有活性部位或者还有别构部位（调节部位）。这样别构蛋白质分子中至少含有二个活性部位或者还有别构部位，各部位之间可通过构象变化传递发生的过程，构象变化可以从一个原体传递给另一个原体，引起协同的相互作用。
同位效应：相互作用的都是活性部位，即一个亚基与配基的结合会影响另一个亚基与配基的结合。如果这种影响是促进作用，则是正协同效应；如果这种影响是降低作用，则是负协同效应。
协同效应:一个亚基与其配体结合后，能影响此寡聚体中另一亚基与配体的结合能力。正协同效应、负协同效应.
