黏膜肌增厚,平滑肌增生并向上升入隐窝之间。黏膜固有层可有弥漫性纤维组织增生,与增生的平滑肌一起代替原有的慢性炎症细胞浸润的固有层,低倍镜下因炎症细胞较少而颜色较浅。
表面上皮下经常可以见到增生的毛细血管。隐窝可扩张、扭曲,隐窝上皮增生,细胞核增大,可伴有反应性不典型性,呈腺瘤样外观,有时甚至会误诊为癌变。
溃疡旁的黏膜上皮和隐窝上皮可呈锯齿状外观伴轻度嗜酸性改变,容易误诊为增主性息肉。
上皮增生呈绒毛状,隐窝异常,如伸长扩张、结构扭曲及锯齿状,有时可见假膜样成分,晚期改变类似于深在性囊性肠炎。部分病例在黏膜表面见到黏液,黏液多的时候与黏液腺癌类似。