PCR 反应时，加入一对两端有不同荧光标记的特异探针来识别不同的等位基因(allele1和allele2)，5’端为报告荧光基团(reporter),3’端为淬灭荧光基团 (quencher)。
PCR过程中，两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。
当探针以完整形式存在时，由于能量共振转移，荧光基团只发出微弱荧光。
特异的探针与相应的等位基因杂合后，DNA聚合酶发挥5’到3’外切酶活性，把报告荧光基团切割下来，脱离了3’端淬灭荧光基团的淬灭作用 (quench)，从而发出荧光。
两个探针的5端标有不同的荧光(FAM或VIC),3”端标有MGB 淬灭基团结合体。
根据检测到的不同荧光，可以判断相应的样本的SNP 等位基因型
