与孔德的思想体系有根本的不同之处，但与孔德一致的是：社会是一个有机整体的基本观点。斯宾塞的社会有机体论比孔德的更为深入全面。
他认为社会是由以下几个部分或领域构成的：无机领域（物理学、化学）、有机领域（生物学、心理学）、超机领域（社会学）。他认为，有机体和超机体这两类物体都展示了“类似的有机原理”，所以，他根据生物有机体（生物）来推演社会有机体，从而说明社会的性质。
特性：社会与有机体一样，具有结构性、功能性和相互依赖性。原始社会（社会结构单一、社会的同质性和综合性较高）随着历史的发展，社会结构日益变得复杂（从单一到多元、从同质性结构到异质性结构）。社会结构的分化也导致了社会功能的分化，从而导致各部分之间的功能联系和相互依赖的程度增强，形成了一个具有整体性的社会有机体。复杂社会的结构比简单社会的更脆弱（简单社会的各部分功能基本相同，可以取代；复杂社会的各部分功能则不可替代），因此社会结构的整合要求越来越高，社会需要一个能够控制并协调各部分行动的“管理系统”。
社会有机体和生物有机体的比较
1.构成要素的联系程度或构造上不同
生物有机体是由单元（细胞）紧密结合而构成的有形体，且各组成部分的位置非常固定；社会则是松散的，彼此结合不牢，由基本单位（个人）分散而自由构成的分离的统一的无形体，社会各组成部分的位置相对固定。
2.联系模式不同
生物系统是依靠物理和化学的作用（有生命力的物质）维持其生长；社会系统依赖符号（情感、语言、文字、艺术和思想系统）来沟通和维持社会各部分与整体进行正常的社会生活和活动。
3.意识层次
生物体中只有神经系统有意识；社会中的所有单位都是有意识且分散的，通过“管理系统”调节整合。
生物有机体的部分是为整体而存在，而社会有机体是整体存在于部分之中。只有通过合作，复杂的社会有机体才能走向一种多元的、最复杂的和运动的均衡整体。
社会有机体中存在三个系统，即生产、分配循环（商业、交通、银行）、调节（管理机构、统治机构和政府）。相应地，社会中的人就必然分化为三个不同的阶级，担任不同的职位（劳动阶级如工人和农民，商人阶级，工业资产阶级），三者各司其职，缺一不可，否则社会就会失衡、无法存在。他认为消灭资产阶级会使社会有机体被破坏。这种理论显然是在资本主义的立场上的。
