导图社区 R代码笔记
关于R代码笔记的思维导图，主要内容有R包安装、代码管理、R语言帮助系统（帮助自学新的代码)、编程。
实验记录是给[未来的自己和其他成员]看的，每一天都要好好整理;也许很多内容，比如PCR、proteinpurification,每天同样的内容你都烦了，但是依旧要如实记录。如果没有当天的记录，等同于没做实验。别忘了，lab notes是可以用来作为呈堂证供的。
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R代码
R包安装
在代码左下框输入Sys.setenv(LANGUAGE = "en")，可以将电脑环境设置为英文环境
运行代码方法：将鼠标放到代码的任何位置，按Ctrl+ Enter
R软件中包安装方式
CRAN资源: install.packages("ggplot2") ，#括号内的叫函数（function）
Bioconductor资源：BiocManager::install("limma")
Github资源：
需先安装好devtools
install.packages("devtools") library(devtools) install_github("packagepath")
.libPaths() 获取当前R包的library路径
R包安装过程报错解读
提示更新包
选择a（更新所有）
安装时提醒安装依赖的包
安装一下提示需要安装的包即可
加载时提示安装推荐的工具
选择Y（是的）
加载包提示该包不存在
安装相应的包
安装时提示包not available
先检查包的名字是否写错，然后进入包的官网查看要求，是否需要更新R的版本
网络原因导致没有下载完整的包或没有下载成功（提示：downloaded length 32768 !=(不等于) reported length 242507；或无法与服务器建立连接）
重新下载一遍即可
代码区中文乱码
可点file > reopen and encoding > UTF-8 > OK即可
加载包
library(openxlsx) library(dplyr) library(ggsci)
代码管理
书签
####里面可以写章节####
注释
#也可以用单井号，写提示的文字
R script里面是这样写书签和注释。书写不会影响代码的运行
代码文件命名
系统命名，方便查找
使用markdown来写代码
左上代码编辑框，点击File下方+号右边的Ñ符号，点击Rnotebook(可能需要下载相应的包，点击Y)> 保存markdown文件（ctrl+S（保存的快捷键））
生成注释信息的快捷键：Ctrl+Shift+C
#代表一级标题
##代表二级标题
###代表三级标题
英文>加空格，后面可以书写注释的文字,和后面的代码之间需要有一空格
#和>需要在英文状态下书写，并且需要空一格再写其他字，需要写在黑色的框内
养成先加载包的习惯，然后再写其他代码
Ctrl+Alt+I创建代码输入框，将代码输入两个...中间
在代码的右边三角形，可以运行部分或全部的代码，红色框内最左边的设置键可以设置chunk
R语言帮助系统（帮助自学新的代码）
Package的帮助信息
点开右下框的package，就能看到关于package的帮助信息，2的框里可以搜索package的名字来找到相应的package,然后点开，点击Help就可以看相应的信息
函数（Function）的帮助信息
在左下框内输入？函数，然后Enter, ,在Arguments那里可以得到函数的信息，往下还有Examples
编程
赋值
对于给定的变量，必须经过赋值后相应的值才会改变，赋值之后必须执行一下才能生效
赋值符号
<-
->
=
中间不带空格，箭头朝向变量 例子：a <- 10 3e-2 -> b c = 10 a <- "cherry"（加双引号的为字符串）
变量和值
Variabe: 变量，赋值的a,b,c为变量
Value: 值，对应的-10，0.03，10及字符串等均为值
算法
加减乘除（+, -, *, /）
取余数（%%）
商（%/%）
乘方（^）
对数(log)
向量 (Vector)
是R中最基本的数据容器，同一向量中的所有元素必须是相同的模式
数值（numeric）
双整型（double），可正可负，可含或不含小数点
整型（integer），只能用来储存正数，通过在数字后面加大写字母L的方式来表示
可以用typeof()来判断数值类型，另外还可以使用model(), class()函数查看数据类型
字符串(Character)
通过双或单引号定义，默认双引号
双引号里面有引号的情况，只能是单引号，或者也可以单引号包含双引号
字符串的函数
长度测量：nchar(hello)
大小写转换：toupper(hello), tolower(hello)
字符串连接: paste(title,hello,title,seq = "") paste0()函数几个字符串中间无空格
判断是否字符串或其他：
is.numeric(hello)
is.character(hello)
is.logical(hello)
数值转字符串：as.character(b)
逻辑
只包含TRUE和FALSE
as.numeric(T)# TURE可以写成T as.numeric(FALSE)# FALSE必须全写成大写，小写会报错。TRUE转换成1，FALSE转换成0
向量赋值
通过c函数赋值(这里的C是函数)
通过c函数生成数值向量
生成字符串向量
如果生成的向量里面同时有数值和字符串，输出结果为字符串
直接生成
b = 1:30
使用seq函数
c = seq(from = 1, to = 10, by = 2),这里的c是变量，from是起始，to是终止直，by是间隔。也可以写成：c = seq(1,10,2)
c = seq(from = 1, to = 10, length.out = 3)，这个是等分的意思，结果为：1.0 5.5 10.0
向量的索引和取值
索引
使用位置取值
friend_ages[2]
删掉相应位置的值
friend_ages[-3]
使用逻辑判断取值
friend_ages > 26 friend_ages[friend_ages > 26] friend_ages[friend_ages == 26]
子主题
主题
