多组学分析一般论文构思

这是本人制作的关于生信分析中的多组学分析的一般思路，个人认为这是一个有着充分的内容体系和故事完整度的一般性思路，供各位进行参考，欢迎各位喜欢生信分析的伙伴使用。本人目前临床本科在读，暂时不考虑分析代做。本人弗拉基米尔同志，暂时较忙，不提供联络方式和真实姓名。

多组学分析工程设想

• TME 分析
  • Expression data
    • ESTIMATE 算法
      • 打分结果
        • 免疫高低分组 （采用了中值判定法）
        • 相关性 分析
          • 免疫打分-免疫细胞浸润相关性
            • stromal score - 免疫细胞浸润 小提琴图
            • immunel score - 免疫细胞浸润 小提琴图
            • estimate score - 免疫细胞浸润 小提琴图
  • Expression data
    • FPKM2TPMR.R
      • 转为 TPM 校准的数据
  • Expression data
    • CIBERSORT 算法
      • 免疫细胞浸润 表格
        • 呈现 免疫细胞浸润
          • 免疫细胞 柱状堆叠图
          • 免疫细胞间相关性
• 多组学分析
  • low immunity cohort Vs high immunity cohort
    • 差异表达基因
      • 差异分析
        • 火山图
        • 相关性热图
      • 互作网络
        • PPI 调控网络图 子图 + 母图
        • 基因互作网络
  • Mutation File
    • Fisher 算法 low V.S high immunity cohort
      • 差异突变基因
        • 火山图
        • 相关性分析
          • & 免疫相关差异基因
            • 相关性热图
          • & 临床特征相关
            • 散点箱线图
          • & 甲基化差异基因
            • 相关性热图
    • CoMEt 算法
      • 共发生突变 & 互斥突变
    • Maftools 包
      • 突变可视化
        • Maftool 全家桶
  • Methylation File
    • >20%missing 过滤
      • Champ 包 补缺
        • PBC 矫正
          • 处理后的 甲基化数据
            • Limma 包 Bumphuter 算法
              • 甲基化 差异探针矩阵
                • 差异分析
                  • 火山图
                  • 相关性热图
                • 互作网络
                  • PPI 调控网络图 子图 + 母图
                  • 基因互作网络
  • Expression File
    • 自噬基因提取
      • 差异基因提取
        • 相关性分析
          • & 免疫相关差异基因
            • 相关性热图
          • & 临床特征相关
            • 散点箱线图
          • & 甲基化差异基因
            • 相关性热图
          • & 自噬基因和突变基因
            • 取交集 Venn
            • 相关性热图
  • CPTAC 蛋白数据库
    • 从蛋白层面进行数据的再一次验证
• 功能富集分析
  • 富集对象
    • 差异表达基因
    • 差异突变基因
    • 差异甲基化
  • 富集方法
    • GSEA 富集分析
    • GO 富集分析
    • KRGG 富集分析
    • TF 富集分析
  • 富集呈现形式
    • 气泡图
    • 柱状图
    • 富集后流程图
    • GSEA 富集分析图
• 临床预后相关性分析
  • 预后模型的构建
    • 单因素纳入因素
      • Gene expression data； Gene mutation data； Methylation data
      • Univariate Cox
        • 单因素分析结果表
        • Multivariate Cox
          • 多因素分析结果表
          • Independent risk factors
            • Lasso Reg
              • Multivariate Cox
                • Simplified Independent Risk factors
                • 多因素回归结果 森林图
              • Lasso 回归分析图
    • 模型的检验和呈现
      • 风险曲线
      • ROC+DCA+Calibration curve+C-index
      • 临床性状-风险值 相关性
  • 临床相关性
    • 散点箱线图
  • 免疫治疗效果预测
    • 【猜想：我记得有相关教程，一个是需要免疫治疗相关基因，还有一个是临床之文件中本来就有的治疗文件】

干湿实验结合项目

• TME 分析
  • Expression data
    • ESTIMATE 算法
      • 打分结果
        • 免疫高低分组 （采用了中值判定法）
        • 相关性 分析
          • 免疫打分-免疫细胞浸润相关性
            • stromal score - 免疫细胞浸润 小提琴图
              • TPM 校准版本
              • 未经 TPM 校准版本
            • immunel score - 免疫细胞浸润 小提琴图
              • TPM 校准版本
              • 未经 TPM 校准版本
            • estimate score - 免疫细胞浸润 小提琴图
              • TPM 校准版本
              • 未经 TPM 校准版本
  • Expression data
    • FPKM2TPMR.R
      • 转为 TPM 校准的数据
  • Expression data
    • CIBERSORT 算法
      • 免疫细胞浸润 表格
        • 呈现 免疫细胞浸润
          • 免疫细胞 柱状堆叠图
            • TPM 校准版本
            • 未经 TPM 校准版本
          • 免疫细胞间相关性
            • TPM 校准版本
            • 未经 TPM 校准版本
• 多组学分析
  • 高低打分组 差异分析
    • Low & High immune cohort
      • 差异表达基因
        • 差异分析
          • 热图
          • 火山图
    • Low & High stromal cohort
      • 差异表达基因
        • 差异分析
          • 热图
          • 火山图
    • Low & High estimate cohort
      • 差异表达基因
        • 差异分析
          • 热图
          • 火山图
  • m6A Mehtylation
    • ExpDiff
• 功能富集分析
• 临床预后相关性分析

METTL3 promotes tumour development bydecreasing APC expression mediated byAPCmRNAN6-methyladenosine-dependent YTHDFbinding

• 逻辑构架
  • METL3 corralated with Survival Condition
  • METL3 pulses tumor Proliferation and growth
    • First： Mice, in vivo
  • The Matter:METL3 related with tumor progress
  • METTL3 mediates m6A upregulation on APC mRNA
  • METTL3-dependent m6A upregulation on APC mRNA suppresses APC expression
  • METTL3-enhanced m6A of APC mRNA and subsequent binding of YTHDF suppresses APC expression
  • Why the matter : The downflow manufacture of METTL： METTL3/YTHDF --> APC --> β-catenin --> tumor proferation
• 科研方法
• 主题