为使采集的水样能够反映水体水质在时间和空间上的变化规律，必须合理地安排采样时间和采样频率，力求以最低的采样频率取得最有时间代表性的样品。
（1)饮用水源地、省（自治区、直辖市、特别行政区）交界断面中需要重点控制的监测断面，每月至少采样监测1次，采样时间根据具体情况选定
（2)较大的水系、河流、湖、库的监测断面，每逢单月采样监测一次，全年6次。采样时间为丰水期、枯水期和平水期，每期采样两次。水体污染比较严重时，酌情增加采样监测次数。底质每年在枯水期采样监测一次
（3)受潮汐影响的监测断面分别在大潮期、小潮期进行采样监测。每次采集涨潮、退潮水样分别监测。涨潮水样应在断面处水面涨平时采集，退潮水样应在水面退平时采集
（4)属于国家监控的断面（或垂线），每月采样监测一次，在每月5-10日进行。
（5)如某必测项目连续三年均未检出，且在断面附近确无新增污染源，而现有污染源排污量未增加，在此情况下，可每年采样监测一次。一旦检出，或在断面附近有新增污染源，或现有污染源新增排污量时，即恢复正常采样。
（6)水系背景断面每年采样监测一次，在污染可能较重的季节进行。
（7)海水水质常规监测，每年按丰水期、平水期、枯水期或季度采样监测2~4次。
