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蛋白质,三维结构,大学，蛋白质的三维结构是指整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，也就是蛋白质的构象。
蛋白质的三维结构是指整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，即整条肽链的三维空间结构。
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蛋白质的三维结构
概述
概念
三维结构（three-dimensional structure）或构象（conformation）
稳定性（stability）
肽基（peptide group）/酰胺平面/肽平面
拉式图（ramachadran plot）
亚基和单体P128
寡聚蛋白，多聚，单
原体p128
别构效应P134
同促效应
正协同
负协同
异促效应
正效应物（activator）
负效应物（inhibitor）
蛋白质构想主要由弱相互作用力决定
离子相互作用（离子对和盐桥），氢键，范德华力和疏水相互作用
肽键具有刚性和平面性质
二角定义
蛋白质的二级结构
定义（p100）
螺旋 p100
α-螺旋
副主题
结构（）
二面角
叙述（了解）
手性（主，右手）
D-aa 左旋
L-aa 右旋（最常见）
氨基酸序列影响α螺旋稳定性（5点， p104）
其他螺旋
β构象（-conformation）p104
定义
β片（-sheet）
平行和反平行
β股/折叠（-strand）
β转角（-turn）或发夹结构（hairpin structure）p105
180°转折结构，涉及4个aa
gly和pro 残基
why
类型一和二
Ω环（loop）
无规则卷曲
超二级结构和结构域
超二级
定义P114
分类
αα
ββ
反平行折叠片
最简：β发夹结构（-hairpin structure）
βαβ
β曲折（-meander）（希腊钥匙）
结构域
定义p116
有时，功能域
结构域出现原因
特点和特点作用
flexibility
三级结构
四级结构
对称性
4种对称元素
四级缔合的驱动力
范德华力，氢键，离子建，疏水相互作用
相互作用的方式
亚基缔合的特异性
由相互作用的表面上的极性基团之间的氢键和离子键提供
四级缔合在结构和功能上的优越性
增强结构的稳定性
提高遗传经济性和效率
使催化基团汇集在一起
具有协同性和别构效应
膜蛋白
外周膜蛋白
内在膜蛋白质
第一种类型
具有单跨膜肽段的膜蛋白
具有七个跨膜肽段的膜蛋白
β桶型膜蛋白——孔蛋白
一些转运体和通道蛋白（p-p114）
The Glucose Transporter葡萄糖转运蛋白
the Chloride-Bicarbonate（氯-碳酸氢盐）Exchanger
Transport ATPases转运ATP酶
Water channels Aquaporins水通道蛋白
ion channels
兼在膜蛋白（amphotropic protein）/脂锚定膜蛋白（lipid-anchored protein）
球状蛋白质
三级结构特征
all α protein
all β protein
α/β protein
α+β protein
富含金属和二硫键蛋白质
纤维状蛋白质 p106
特点
多肽链排列成长线或片层，外形上呈现纤维状或细棒状
一般由“单一类型的二级结构组成”，三级结构较为简单
α-角蛋白
是由外胚层细胞发育而来的皮肤及其衍生物的结构蛋白质
左手螺旋
伸缩性好
β折叠片蛋白质
丝心蛋白
β-角蛋白
胶原蛋白
胶原纤维
原胶原
三股螺旋
弹性蛋白
蛋白质的折叠，变性，结构预测
折叠
蛋白质折叠不是随机搜索找到自由能最低构象的
研究中间体的方法
折叠分阶段快速完成
熔球模型
折叠有异构酶和伴侣蛋白质参与p141
PDI
PPI
变性
变性和复性概念
变性剂
机制p135
结构预测
测定三维结构的方法
X射线衍射
用于晶体结构的测定
NMR核磁共振P94
生物大分子动态结构的研究
化学位移
电子显微镜技术
冷冻电镜
负染电镜
优缺点（p-p198）
溶液中蛋白质构象
紫外差光谱
荧光和荧光偏振
用途p98
圆二色性p98
用途p-p218
蛋白质动力学
规正的二级结构维持三级结构的轮廓，而绝大部分与蛋白质生物活性有关，活性更大的部位绝大多数是由“转角和环”构成。
