亚洲稻瘦蚊的细菌群落结构启示

亚洲稻瘦蚊的细菌群落结构揭示了富含变形菌门的不同微生物群，包括多样性指数、相异矩阵、丰富和稀有物种分析、亚洲稻瘦蚊和小麦瘘蚊微生物群落的比较。

亚洲稻瘿蚊的细菌群落结构揭示了富含变形菌门的不同微生物群

• 4.多样性指数
  • α多样性指数在不同样本之间存在显著差异。
    • 1.多样性的Shannon信息指数为1.48~4.68，平均为3.04；观测到的Simpson多样性指数为0.54~0.84，平均为0.69。
    • 2.CHO1物种丰富度估计值显示，OTUS丰富度在1604-3247之间变化。
    • 3.稀疏曲线显示GMB1LR具有最高相对多样性。GMB1LS的OTUS多于GMB1LR。
  • β多样性分析
    • 1.GMB1样本中的细菌变异在未加权和加权的曲线图中清楚地分开了GMB1LS、GMB1LR、GMB1P、GMB1F和GMB1M样本。
    • 2.在三维加权图中，GMB1LS和GMB1LR的细菌变异率超过95%，其次是GMB1P和GMB1F的细菌变异率为3.71%，GMB1M的细菌变异率为0.37%。
    • 3.平行的未加权和加权UniFrac分析分别显示GMB1LS和GMB1LR样本中的细菌变异最大。
• 5.相异矩阵
  • 根据OTUS，GMB1LS和GMB1LR在样本间的相似性最大，成虫和蛹的OTUS相似性最大。
• 7.丰富和稀有物种分析
  • 1.除GMB1LR外，其余样品均以稀有种为主。而丰富种在GMB1P、GMB1F、GMB1M、GMB1LS和GMB1LR中分别为19.8%、27.9%、34.6%、48.3%和51.7%。
  • 2.在所有样品共有的186个丰富种和273个稀有种中，36个丰富种和6个稀有种普遍存在于所有GMB1样品中。
• 亚洲稻瘿蚊和小麦瘿蚊微生物群落的比较
  • 1.α-蛋白细菌和γ-蛋白细菌在亚洲稻瘿蚊中的出现频率分别为78.7%和16.1%，而在小麦瘿蚊中分别为5.1%和91.9%。
  • 2.假单胞菌属(Pseudomonas sp.)在亚洲稻瘿蚊中的含量为36.9%，在黑线蝇中的含量为90.2%。
• 8.假单胞菌和沃尔巴克氏菌在蚊发育阶段的存在动态
  • 1.GMB1P、GMB1F和GMB1M中假单胞菌特异片段的微弱扩增。
  • 2.Wolbachia特异性片段在GMB1P、GMB1F和GMB1M中占优势，而我们在蛆(GMB1LS和GMBILR)中观察到的Wolbachia特异性片段扩增较少
• 6.细菌分布及其比较研究
  • 1.优势菌门是变形菌门，占总细菌序列的97.8%，在所有GMB1样品中的相对丰度为不同门菌。
  • 2.在GMB1样品中，以变形杆菌为代表的主要分类群有沃尔巴克氏菌属(72.5%)、假单胞菌属(9.8%)和肠杆菌属(1.9%)等。
  • 3.肠杆菌属(Enterobacter sp.)仅在GMB1M样品中存在较高水平(7.2%)，而在GMB1的其他样品中含量<1%。
• 3.识别、分配运行分类单元(OTU)
  • 1.从感病寄主(GMB1LS)分离蛆虫的otus有最高的数量（2280），从抗性寄主分离蛆的otus有2161，蛹的otus有1270，雄虫的otus有992，雌虫的otus有906。
  • 2.总共鉴定了7609个OUT。
  • 3．OTUS热图图像清楚地显示了GMB1样本(GMB1F、GMB1M、GMB1P、GMB1LS和GMB1LR)在微生物门水平上的丰度和分类组成的差异。
  • 4.从所有GMB1样品，稀疏曲线接近高原，表明采样深度和测序覆盖率良好。
• 2.lllumina-MiSeq原始读数
  • 高质量读数在GMB1样本中的范围为94.0-96.1%。使用CD-HIT-DUP工具去除重复和嵌合读数，以阻止高估的物种、基因和/或功能的丰度。保留不重叠的读数以供进一步分析。
• 1.16S V3-V4高变区的PCR扩增
  • 子主题
• 一些启发
  • 1.在所有的GMB1样本中，变形杆菌是主要的细菌成分，这可能是因为在亚洲稻瘿蚊的取食阶段，蛆(GMB1LS和GMB1LR)可以积极地从水稻寄主中吸收变形杆菌。
  • 2.变形杆菌的成员是生物圈中的主要细菌种群，因为它们具有高效的定殖能力。
  • 3.昆虫的食物通常是营养贫乏或不完整的，一些昆虫有特殊细菌细胞，细胞内有有益的细菌，被认为负责补充昆虫的其他营养不良的食物。
  • 4.在变态的不同阶段，每个阶段都有一个杀菌过程，昆虫在每个阶段都会获得一组新的微生物。
  • 5.在GMB1中观察到的微生物多样性很可能是由于从外部环境获得了不同的细菌物种。