微生物分类鉴定

微生物分类鉴定总结，介绍了他们的分类单位、分类概念、分类方法、命名方法，鉴定目的、步骤、鉴定指标等等内容。

微生物分类鉴定

• 分类
  • 分类单位
    • 届 Kingdom
    • 门 Phylum
    • 纲 Class
    • 目 Order
    • 科 Family
    • 属 Genus
    • 种 Species
  • 分类概念
    • 种
      • 种是最基本的分类单位, 它是一大群表型特征高度相似，亲缘关系极其相近，与同属内其它种有着明显差异的菌株的总称。
    • 新种
      • 新种（species nova，sp.nov或nov sp.）是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。按《国际命名法规》规定，其学名后附上“sp. nov”符号。
    • 新纪录种
      • 新记录种：本国家第一次发现的
    • 亚种
      • 亚种(变种) ：当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元--亚种。
    • 型
      • 型(form或type)常指种或亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。例如抗原特征的差异分为不同的血清型。如E.coli O157:H7
    • 菌株
      • 菌株(品系)(strain): 表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖成的纯遗传型群体及其一切后代。菌株名称常用数字编号、字母、人名、地名等表示。如 枯草杆菌ASI 398(Bacillus subtilis AS1.398)——生产蛋白酶 枯草杆菌BF7658(Bacillus subtilis BF7658)——生产α-淀粉酶。
    • 模式菌株
      • 模式菌株：具有典型鉴别特征的标准菌株。由专门保藏机构保藏。
  • 分类方法
    • 特征分类法
      • 主要是形态、生理生化等传统特征或依据。形态特征、细胞壁成分、红外吸收光谱、生理生化特征、生态习性、血清学反应、噬菌反应。
    • 数值分类法
      • 用数理统计的方法处理各种特征，求出相似值，根据相似值大小决定细菌在分类学中的关系，并进行类群的划分。
    • 遗传分类法
      • GC含量、DNA杂合率、rRNA的碱基顺序。
• 命名
  • 双名法
    • 双名法（binominal nomenclature） 按照《国际细菌命名法规》, 采用“属名 + 种名 ” 的命名规则。 属名 + 种名 +命名人 如 Escherichia coli Castellani et Chalmers 1919
  • 三名法
    • 当某种微生物是一个亚种（subspecies，简称“subsp”）或变种(variety，简称“var”，亚种的同义词)时，学名就应按三名法拼写
  • 常见微生物中文名称——拉丁学名
    • 金黄色葡萄球菌——Staphylococcus aureus（S. aureus） 大肠杆菌——Escherichia coli（E.coli） 枯草芽孢杆菌——Bacillus subtilis（B. subtilis） 苏云金芽孢杆菌——Bacillus thuringiensis（ B. thuringiensis ） 嗜热链球菌——Streptococcus thermophilus 保加利亚乳杆菌——Lactobacillus bulgaricus 黑曲霉—— Aspergillus niger 黄曲霉——Aspergillus flavus 扩展青霉——Penicillium expansum 酿酒酵母——Saccharomyces cerevisiae
• 鉴定
  • 目的
    • 给予未知的菌株一个分类名称，即确定属种地位。
  • 步骤
    • 1、获得该微生物的纯培养
    • 2、测定一系列必要的鉴定指标
      • 形态指标
      • 生理生化指标
      • 生态习性
      • GC%
      • 18srRNA相似性
    • 3、查找权威性鉴定手册
      • 原核生物：《伯杰氏系统细菌学手册》第9版，1994
      • 真菌：Ainsworth (1973)系统
      • 酵母：Lodder分类系统
  • 菌种鉴定指标
    • 1、形态特征（个体和群体）
      • 细菌个体形态：形状、大小、排列
      • 培养特征：固体— 菌落，半固体— 穿刺，液体特征
      • 特殊结构：鞭毛、芽孢、荚膜、孢子
      • 染色反应：革兰、抗酸
      • 内含物：异染颗粒、伴孢晶体
      • 运动性：滑行、鞭毛泳动
    • 2、生理生化反应
      • 营养要求：碳源、氮源、营养类型（光能、化能；好氧厌氧）
      • 代谢产物：种类、产量、显色反应（色素、产酸产碱）
      • 酶：产酶种类、反应特性（H202酶、尿素酶、氨基酸脱羧酶...）
    • 3、生态学特征
    • 4、生活史，有性生殖
    • 5、血清学反应
  • 分子与遗传方法
    • DNA碱基组成：GC% 相同不能说明是同种，但不同则肯定不是同种。 差别>10%不是同种，
    • 核酸分子杂交 亲缘关系越近，杂交百分率越高。
    • 16s rRNA寡核苷酸编目分析 水解rRNA产生一系列寡核苷酸片段，顺序分析。
• 微生物的快速分类鉴定方法
  • API 细菌数值鉴定系统
  • Enterotube 系统
  • Biolog全自动或手动细菌鉴定系统