PI（碘化丙啶 535, 623）：可选择性的插入核酸双螺旋碱基对中。常用于DNA分析，需要用RNase处理细胞排除RNA对DNA荧光定量的影响；PI不能透过活细胞膜，常用于鉴定死细胞
7-AAD（7-氨基放线菌素D 545, 647 ）： 以插入的方式与DNA链的G-C碱基对结合，不能透过活细胞膜，常用于鉴定死细胞
DAPI（4,4,6-二脒基二苯基吲哚 358, 456）：可以非嵌入方式与DNA链上的A-T碱基对特异性结合。变异系数明显小于其他染料，一种理想的DNA定量染料
Hoechst（343, 450）：常见为Hoechst33342和Hoechst33258，非嵌入的方式与DNA链上的A-T碱基对结合。能对活细胞染色，用于活细胞DNA定量分析，如精子分选；还用于侧群细胞的分选
PY（派若宁 560, 573）： RNA染料，能进入活细胞
AO（吖啶橙 509, 525）： DNA、RNA染料，染色后DNA呈黄绿色荧光，RNA呈橙黄色荧光，可进行DNA/RNA双参数分析
